Постройте конверт для объекта mppm в spatstat

Камилла Гонтье

Мой вопрос тесно связан с предыдущим: проверка гипотез на основе моделирования на гиперкадрах пространственных точечных шаблонов с использованием функции "конверта" в spatstat.

Я получил mppmобъект, подогнав модель к нескольким независимым наборам данных с помощью mppmфункции из Rпакета spatstat. Как я могу изучить его оболочку, чтобы сравнить с моими наблюдениями?

Я подогнал свою модель как таковую:

data <- listof(NMJ1,NMJ2,NMJ3)
data <- hyperframe(X=1:3, Points=data)
model  <- mppm(Points ~marks*sqrt(x^2+y^2), data)

где NMJ1, NMJ2 и NMJ3 отмечены pppи являются независимыми реализациями одного и того же эксперимента.

Однако функция конверта не принимает входные данные типа mppm:

> envelope(model, Kcross.inhom, nsim=10)
Error in UseMethod("envelope") : 
  no applicable method for 'envelope' applied to an object of class "c('mppm', 'list')"

Ответ на ранее упомянутый вопрос показывает, как построить глобальные конверты для каждого шаблона и использовать правило продукта для множественного тестирования. Однако моя подобранная модель подразумевает, что мои 3 pppобъекта статистически эквивалентны и являются независимыми реализациями одного и того же эксперимента (то есть между ними нет разных ковариат). Таким образом, я хотел бы получить один график, сравнивающий мою подогнанную модель с моими тремя наборами данных. Следующий код:

gamma= 1 - 0.95^(1/3)
nsims=round(1/gamma-1)
sims <- simulate(model, nsim=2*nsims)
SIMS <- list()
for(i in 1:nrow(sims)) SIMS[[i]] <- as.solist(sims[i,,drop=TRUE])
Hplus <- cbind(data, hyperframe(Sims=SIMS))

EE1 <- with(Hplus, envelope(Points, Kcross.inhom, nsim=nsims, simulate=Sims))

pool(EE1[1],EE1[2],EE1[3])

приводит к следующей ошибке:

Error in pool.envelope(`1` = list(r = c(0, 0.78125, 1.5625, 2.34375, 3.125,  : 
  Arguments 2 and 3 do not belong to the class “envelope”
Адриан Баддели

Неверный тип индекса подмножества. Использовать

pool(EE1[[1]], EE1[[2]], EE1[[3]])

или просто

pool(EE1)

Это привело бы к сообщению об ошибке, с которым envelopeдолжны были быть вызваны команды savefuns=TRUE. Так что вам просто нужно изменить этот шаг.

Однако статистически эта процедура не имеет большого смысла. Вы уже создали модель, которая позволяет делать строгие статистические выводы с использованием anova.mppmи других инструментов. Вместо этого вы генерируете смоделированные данные из подобранной модели и выполняете тест Монте-Карло со всеми опасными проблемами, связанными с многократным тестированием и низким энергопотреблением. У этого подхода есть дополнительные проблемы - например, даже если модель «одинакова» для каждой строки гиперкадра, шаблоны не являются статистически эквивалентными, если окна точечных шаблонов не идентичны, и так далее.

Эта статья взята из Интернета, укажите источник при перепечатке.

Если есть какие-либо нарушения, пожалуйста, свяжитесь с[email protected] Удалить.

Отредактировано в
0

я говорю два предложения

0обзор
Войти в системуУчаствуйте в комментариях

Статьи по теме

Невозможно использовать mppm для многотипных точечных шаблонов

spatstat удаление меток из точечного массива и впоследствии точек

SPATSTAT дублирует точки на определенном расстоянии

разделение классов и кратчайший путь в сетях в spatstat

Ошибка построения сети из вершин в spatstat

взвешенная медиана в пакете spatstat

отобразить остатки в spatstat без наложения точек

Проверка гипотез на основе моделирования на гиперкадрах пространственных точечных шаблонов с использованием функции "конверт" в spatstat

Есть ли способ сделать невидимой полигональную границу участка диска в пакете spatstat?

Коррекция артефактов в spatstat для точечных паттернов биологических клеток

Объединение двух объектов точечного массива в spatstat для создания комбинированной метки

Количество фиктивных точек в spatstat

Классификация точечного рисунка с помощью spatstat: как правильно выбрать полосу пропускания?

Как подогнать одну модель к нескольким независимым наборам данных в spatstat?

Ограничения на параметры подобранной модели в spatstat

Получите значения из смоделированных миллионных долей в минуту в spatstat

Как вычислить параметры из mppm в R

Подгонка неоднородного Cox LGCP к реплицированному точечному процессу с использованием mppm

Spatstat, интерполяция точек данных в R

как измеряется tp на отрезке в spatstat

Сеть не подключена - пакет spatstat в R

Как преобразовать образец набора данных из пакета R "spatstat" в шейп-файл

R - Spatstat - Поиск ближайшего соседа по идентификатору с использованием таблицы данных

Пакет R spatstat: как использовать ковариату модели точечного процесса в качестве фактора, начиная с файла формы

Создание кластерных меток spatstat для объекта ppp

Можно ли добавлять метки в трехмерный точечный узор с помощью SpatStat в Rstudio?

Spatstat: неоднородный Lcross приводит к странному графику, несмотря на неоднородный точечный узор согласно тестам на подсчет квадратов.

Как получить область для ограничивающей рамки для каждой точки в данных плоского точечного массива (ppp) с помощью Spatstat в R?

создание шаблона точек pp3 в spatstat для облака точек в форме конуса

TOP список

  1. 1

    Распределение Рэлея Curve_fit на Python

  2. 2

    Резервное копирование / восстановление kafka и zookeeper

  3. 3

    Редактировать существующий файл Excel C # npoi

  4. 4

    Ipython использует% store magic для получения динамического имени

  5. 5

    Как получить список индексов всех значений NaN в массиве numpy?

  6. 6

    Почему бы не выдать ошибку ERROR в тесте Jasmine?

  7. 7

    Дженерики и потоки Java

  8. 8

    Как отфильтровать несколько столбцов в Qtableview?

  9. 9

    Как добавить Swagger в веб-API с поддержкой OData, работающий на ASP.NET Core 3.1

  10. 10

    Как изменить значок приложения для проекта libgdx android

  11. 11

    Thymeleaf не отображает значения в проекте Spring Boot

  12. 12

    Unity Проверить, включен ли Toggle

  13. 13

    Airflow не распознает мои настройки подключения S3

  14. 14

    Flutter: Unhandled Exception: FileSystemException: Creation failed, path = 'Directory: '' (OS Error: Read-only file system, errno = 30)

  15. 15

    Bogue étrange datetime.utcnow()

  16. 16

    На графике Matplotlib не отображается легенда

  17. 17

    Создание X509Certificate2 из ECC X509Certificate выдает исключение System.NotSupportedException в C #

  18. 18

    Как добавить фреймворк в файл в папке «Источники» Xcode Playground?

  19. 19

    Выполнение команд PowerShell в программе Java

  20. 20

    Статус HTTP 403 - ожидаемый токен CSRF не найден

  21. 21

    Инструмент для вставки данных, собранных в электронной таблице, в документ Word или PDF

популярныйтег

файл