Ограничения на параметры подобранной модели в spatstat

Камилла Гонтье

В Rпакете spatstatя хотел бы наложить некоторые ограничения на параметры модели, подходящей для моих данных.

Мои данные - это многотипный pppобъект, типы которого называются BRPи GluR. Как видно на графике ниже, точки (примерно) организованы в концентрические круги. BRPобъекты локализуются на кольце с радиусом 128,4, а GluRорганизованы на внешнем кольце с радиусом 261,8.введите описание изображения здесь

Using the ppm function, I would thus like to fit a model where the intensity function for type BRP scales with ~abs(sqrt(x^2+y^2)-128.4), and where the intensity function for type GluR scales with ~abs(sqrt(x^2+y^2)-261.8). However, when using the following trend formula:

fit_NMJ <- ppm(NMJ,~marks*(abs(sqrt(x^2+y^2)-128.4)+abs(sqrt(x^2+y^2)-261.8)))

I obtain cross-interactions between GluR and ~abs(sqrt(x^2+y^2)-radius_BRP ), and between BRP and ~abs(sqrt(x^2+y^2)-radius_GluR) (which I want to avoid):

> radius_GluR <- 261.8
> radius_BRP <- 128.4
> fit_NMJ <- ppm(NMJ,~marks*(abs(sqrt(x^2+y^2)-radius_BRP )+abs(sqrt(x^2+y^2)-radius_GluR )))
> fit_NMJ
Nonstationary multitype Poisson process

Possible marks: ‘BRP’ and ‘GluR’

Log intensity:  ~marks * (abs(sqrt(x^2 + y^2) - radius_BRP) + abs(sqrt(x^2 + y^2) - radius_GluR))

Fitted trend coefficients:
                                 (Intercept)                                    marksGluR 
                                -9.850558359                                  0.231315028 
           abs(sqrt(x^2 + y^2) - radius_BRP)           abs(sqrt(x^2 + y^2) - radius_GluR) 
                                -0.044039428                                  0.009055454 
 marksGluR:abs(sqrt(x^2 + y^2) - radius_BRP) marksGluR:abs(sqrt(x^2 + y^2) - radius_GluR) 
                                 0.039652754                                 -0.018198305 

                                                 Estimate       S.E.       CI95.lo      CI95.hi Ztest       Zval
(Intercept)                                  -9.850558359 1.92806275 -13.629491901 -6.071624817   *** -5.1090445
marksGluR                                     0.231315028 2.00684749  -3.702033781  4.164663836        0.1152629
abs(sqrt(x^2 + y^2) - radius_BRP)            -0.044039428 0.01749010  -0.078319402 -0.009759454     * -2.5179626
abs(sqrt(x^2 + y^2) - radius_GluR)            0.009055454 0.01392686  -0.018240694  0.036351602        0.6502150
marksGluR:abs(sqrt(x^2 + y^2) - radius_BRP)   0.039652754 0.01784817   0.004670991  0.074634517     *  2.2216710
marksGluR:abs(sqrt(x^2 + y^2) - radius_GluR) -0.018198305 0.01478904  -0.047184295  0.010787685       -1.2305263

i.e. I would like to constraint the parameters marksGluR:abs(sqrt(x^2 + y^2) - radius_BRP) and marksBRP:abs(sqrt(x^2 + y^2) - radius_GluR) to be zero. Is it possible to specify this in the trend formula ? Does it also work for multiple independent datasets (when using the mppm function) ?

У меня также есть возможность подобрать эти два типа по отдельности, но при подгонке разных непуассоновских моделей с точечными взаимодействиями я могу пропустить некоторые межтиповые взаимодействия (как, например, при подборе MultiStraussмодели).

Адриан Баддели

Вам просто нужно напрямую построить канонические ковариаты.

Сначала давайте сокращаем

g <- function(x, y, marks, R, type) {
       I(marks == type) * abs(sqrt(x^2+y^2) - R)
     }
gGluR <- function(x, y, marks) {
    g(x, y, marks, radius_GluR, "GluR")
}
gBRP <- function(x, y, marks) {
    g(x, y, marks, radius_BRP, "BRP")
}

потом

ppm(NMJ ~ marks + gGluR + gBRP)

Эта статья взята из Интернета, укажите источник при перепечатке.

Если есть какие-либо нарушения, пожалуйста, свяжитесь с[email protected] Удалить.

Отредактировано в
0

я говорю два предложения

0обзор
Войти в системуУчаствуйте в комментариях

Статьи по теме

spatstat удаление меток из точечного массива и впоследствии точек

SPATSTAT дублирует точки на определенном расстоянии

разделение классов и кратчайший путь в сетях в spatstat

Ошибка построения сети из вершин в spatstat

взвешенная медиана в пакете spatstat

отобразить остатки в spatstat без наложения точек

Проверка гипотез на основе моделирования на гиперкадрах пространственных точечных шаблонов с использованием функции "конверт" в spatstat

Есть ли способ сделать невидимой полигональную границу участка диска в пакете spatstat?

Коррекция артефактов в spatstat для точечных паттернов биологических клеток

Объединение двух объектов точечного массива в spatstat для создания комбинированной метки

Количество фиктивных точек в spatstat

Классификация точечного рисунка с помощью spatstat: как правильно выбрать полосу пропускания?

Как подогнать одну модель к нескольким независимым наборам данных в spatstat?

Получите значения из смоделированных миллионных долей в минуту в spatstat

Spatstat, интерполяция точек данных в R

как измеряется tp на отрезке в spatstat

Сеть не подключена - пакет spatstat в R

Как преобразовать образец набора данных из пакета R "spatstat" в шейп-файл

R - Spatstat - Поиск ближайшего соседа по идентификатору с использованием таблицы данных

Пакет R spatstat: как использовать ковариату модели точечного процесса в качестве фактора, начиная с файла формы

Создание кластерных меток spatstat для объекта ppp

Можно ли добавлять метки в трехмерный точечный узор с помощью SpatStat в Rstudio?

Spatstat: неоднородный Lcross приводит к странному графику, несмотря на неоднородный точечный узор согласно тестам на подсчет квадратов.

Постройте конверт для объекта mppm в spatstat

Как получить область для ограничивающей рамки для каждой точки в данных плоского точечного массива (ppp) с помощью Spatstat в R?

создание шаблона точек pp3 в spatstat для облака точек в форме конуса

G-функция Фоксолла с многоугольниками в R spatstat

как экспортировать объект linnet r spatstat в шейп-файл esri

документация для функции spatstat default.ngrid отсутствует

TOP список

  1. 1

    Распределение Рэлея Curve_fit на Python

  2. 2

    TypeError: store.getState não é uma função. (Em 'store.getState ()', 'store.getState' é indefinido, como posso resolver esse problema?

  3. 3

    В типе Observable <unknown> отсутствуют следующие свойства из типа Promise <any>.

  4. 4

    Как добавить Swagger в веб-API с поддержкой OData, работающий на ASP.NET Core 3.1

  5. 5

    How to click an array of links in puppeteer?

  6. 6

    Merging legends in plotly subplot

  7. 7

    ViewPager2 мигает / перезагружается при смахивании

  8. 8

    Отчеты Fabric Debug Craslytic: регистрация, отсутствует идентификатор сборки, применить плагин: io.fabric

  9. 9

    How to normalize different curves drawn with geom = "step" when using stat_summary

  10. 10

    无法通过Vue在传单中加载pixiOverlay

  11. 11

    как я могу удалить vue cli 2?

  12. 12

    Как я могу нарисовать заполненный прямоугольник в JFreeChart?

  13. 13

    SQL Вычтите две строки друг от друга в одном столбце, чтобы получить результат

  14. 14

    Elasticsearch - Нечеткий поиск не дает предложения

  15. 15

    Single legend for Plotly subplot for line plots created from two data frames in R

  16. 16

    Описание моего типа Parser как серии преобразователей монад

  17. 17

    Как изменить цвета запятых и скобок в VS Code

  18. 18

    Сброс значения <input type = "time"> в Firefox

  19. 19

    Почему прокси в vue.config.js 404

  20. 20

    Как установить параметр -noverify с gradle ktx для робоэлектрических тестов Android?

  21. 21

    В чем разница между ifstream, ofstream и fstream?

популярныйтег

файл