Lista de processos Python com base em uma condição

Seu erro imediato é não criar uma nova mod lista para cada usuário encontrado. Todas as suas entradas de dicionário compartilham um único objeto de lista, e acrescentar mais valores à lista mostrará essas entradas extras por meio das referências compartilhadas:

>>> mod = []
>>> data_list = [{'mod': mod}, {'mod': mod}]  # simplified version of your result
>>> data_list
[{'mod': []}, {'mod': []}]
>>> mod.append('Tom')
>>> data_list
[{'mod': ['Tom']}, {'mod': ['Tom']}]
>>> mod.append('Jerry')
>>> data_list
[{'mod': ['Tom', 'Jerry']}, {'mod': ['Tom', 'Jerry']}]

Lembre-se: os nomes do Python são referências a valores e você pode compartilhar essas referências.

Em vez disso, adicione uma nova lista vazia ao datadicionário ao criá-lo:

for i in mylist:
    if i.isdigit():
        data = {'id': i, 'mod': []}
        data_list.append(data)
    else:
        data['mod'].append(i)

Com uma nova lista vazia anexada a cada datadicionário, você não verá mais dados compartilhados:

>>> mylist = ['1', 'Tom', 'Jerry', '2', 'Sinchan', 'Shero']
>>> data_list = []
>>> for i in mylist:
...     if i.isdigit():
...         data = {'id': i, 'mod': []}
...         data_list.append(data)
...     else:
...         data['mod'].append(i)
...
>>> data_list
[{'id': '1', 'mod': ['Tom', 'Jerry']}, {'id': '2', 'mod': ['Sinchan', 'Shero']}]

Observe que você não precisa usar == True; a ifinstrução já testa se a expressão produziu um valor verdadeiro, == Truepara produzir um Trueresultado é redundante aqui.