Cálculo do tamanho do marcador do gráfico de dispersão

Já que a pergunta está marcada com numpy, podemos usar numpy. numpy.uniquepermite calcular a contagem de valores únicos de uma matriz.

import numpy as np

a = [1,2,1,6,1]
b = [5,0,3,1,5]

u, c = np.unique(np.c_[a,b], return_counts=True, axis=0)

então

# u=
[[1 3]
 [1 5]
 [2 0]
 [6 1]]
# c= 
[1 2 1 1]

Isso pode ser traçado da mesma forma, onde uma função adicional pode ser usada para normalizar as contagens para alguns tamanhos de pontos para traçar

import matplotlib.pyplot as plt
s = lambda x : (((x-x.min())/float(x.max()-x.min())+1)*8)**2

plt.scatter(u[:,0],u[:,1],s=s(c))

plt.show()