J'ai besoin d'utiliser CellProfiler 2.2.0 et pour cela j'ai besoin vigra
. J'ai suivi les instructions que vous pouvez trouver ici, ou du moins telles que je les ai interprétées. En bref:
cd ~/git/vigra
.mkdir
un répertoire à construire et cd
à celui-làcmake
Cependant, lorsque je veux make
le package à l'étape 5), je rencontre ceci:
swvanderlaan@Sanders-MBP ~/git
$ git clone [email protected]:ukoethe/vigra.git
Cloning into 'vigra'...
remote: Enumerating objects: 49815, done.
remote: Total 49815 (delta 0), reused 0 (delta 0), pack-reused 49815
Receiving objects: 100% (49815/49815), 106.46 MiB | 7.64 MiB/s, done.
Resolving deltas: 100% (36407/36407), done.
swvanderlaan@Sanders-MBP ~/git
$ cd vigra/
swvanderlaan@Sanders-MBP ~/git/vigra
$ ls
CMakeLists.txt LICENSE.txt README.md azure-pipelines.yml config docsrc include src test vigranumpy
swvanderlaan@Sanders-MBP ~/git/vigra
$ mkdir -v build
mkdir: created directory 'build'
swvanderlaan@Sanders-MBP ~/git/vigra
$ cd build/
swvanderlaan@Sanders-MBP ~/git/vigra/build
$ cmake ../src/
-- The C compiler identification is AppleClang 10.0.1.10010046
-- The CXX compiler identification is AppleClang 10.0.1.10010046
-- Check for working C compiler: /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin/cc
-- Check for working C compiler: /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin/cc -- works
-- Detecting C compiler ABI info
-- Detecting C compiler ABI info - done
-- Detecting C compile features
-- Detecting C compile features - done
-- Check for working CXX compiler: /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin/c++
-- Check for working CXX compiler: /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin/c++ -- works
-- Detecting CXX compiler ABI info
-- Detecting CXX compiler ABI info - done
-- Detecting CXX compile features
-- Detecting CXX compile features - done
CMake Warning (dev) in CMakeLists.txt:
No cmake_minimum_required command is present. A line of code such as
cmake_minimum_required(VERSION 3.14)
should be added at the top of the file. The version specified may be lower
if you wish to support older CMake versions for this project. For more
information run "cmake --help-policy CMP0000".
This warning is for project developers. Use -Wno-dev to suppress it.
-- Configuring done
-- Generating done
-- Build files have been written to: /Users/swvanderlaan/git/vigra/build
swvanderlaan@Sanders-MBP ~/git/vigra/build
$ make
Scanning dependencies of target vigraimpex
[ 4%] Building CXX object impex/CMakeFiles/vigraimpex.dir/bmp.o
/Users/swvanderlaan/git/vigra/src/impex/bmp.cxx:38:10: fatal error: 'vigra/config.hxx' file not found
#include "vigra/config.hxx"
^~~~~~~~~~~~~~~~~~
1 error generated.
make[2]: *** [impex/CMakeFiles/vigraimpex.dir/bmp.o] Error 1
make[1]: *** [impex/CMakeFiles/vigraimpex.dir/all] Error 2
make: *** [all] Error 2
Comment puis-je réparer ça?
Merci et meilleur,
Ponceuse
Mon système: macOS Mojave 10.14.5 avec brew
:
brew config
HOMEBREW_VERSION: 2.1.6
ORIGIN: https://github.com/Homebrew/brew
HEAD: fddf5b16bd8df577380a1d810d17825ef611b81f
Last commit: 3 weeks ago
Core tap ORIGIN: https://github.com/Homebrew/homebrew-core
Core tap HEAD: 6b7110635d52dbecd386c7c538b812da87dc2da3
Core tap last commit: 18 hours ago
HOMEBREW_PREFIX: /usr/local
CPU: octa-core 64-bit kabylake
Homebrew Ruby: 2.3.7 => /System/Library/Frameworks/Ruby.framework/Versions/2.3/usr/bin/ruby
Clang: 10.0 build 1001
Git: 2.22.0 => /usr/local/bin/git
Curl: 7.54.0 => /usr/bin/curl
Java: 1.8.0_212
macOS: 10.14.5-x86_64
CLT: 10.2.1.0.1.1554506761
Xcode: 10.2.1
CLT headers: 10.2.1.0.1.1554506761
XQuartz: 2.7.11 => /opt/X11
Le moyen le plus simple d'installer vigra sur Mac / Linux / Windows sans rien compiler est d'utiliser conda:
conda install -c conda-forge vigra
Remarque: Vigra prend en charge un certain nombre de dépendances facultatives. Cette version en prend en charge beaucoup, mais si vous êtes intéressé par une fonctionnalité particulière, vous pouvez consulter le script construit par conda-forge pour vigra:
https://github.com/conda-forge/vigra-feedstock/blob/master/recipe/build.sh
[Je sais que cette réponse est beaucoup trop tardive pour être utile, et il semble que vous n'avez pas vraiment besoin de vigra de toute façon. Mais j'espère que cela sera utile pour tous les futurs googleurs qui pourraient rencontrer cette page.]
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