我正在尝试解析基因型数据，本质上是将其转换为其他软件使用，如果问题过于具体，抱歉，但是任何评论和建议都将不胜感激。
ID, exp, control
1, aa, bb
2, ab, aa
3, ab, -
我会这样转换：
'aa'，'bb'因为'a'，'b'当它是'ab'作为第一个将被替换'a'，重复的将被替换为'b'。例如
ID exp exp control control
1 a a b b
2 a b a a
3 a b 0 0
我以某种方式设法实现了第一个目标，但是我发现打印输出有点奇怪，并且所有替换都没有执行：
ID exp exp control
control
1 aa aa bb
bb
2 ab ab aa
aa
3 ab ab -
-
这是我的代码：
#!/usr/bin/env python
inputfile = open("test.txt", 'r')
outputfile = open("solomon.txt", 'w')
matchlines = inputfile.readlines()
for line in matchlines:
line_parts = line.strip() #strip the end space
line_parts = line.split(',') #split the line
output_parts = []
for part in line_parts[1:]: #start from 2nd element, so 1st column not duplicate
if part == 'aa':
part = part.replace('aa', 'a')
elif part == 'bb':
part = part.replace('bb', 'b')
elif part == '-':
part = part.replace('-', '0')
elif part == 'ab':
'''the original one will be replaced with 'a' the duplciatd on will be replaced as 'b' '''
else:
print 'Nothing is matched'
output_part = part + '\t' + part #duplicate each element (1st goal)
output_parts.append(output_part) #populate the line
line = '\t'.join(output_parts) #join elements in the line with a tab
outputfile.write(line_parts[0] + line + "\n")
inputfile.close()
outputfile.close()
我建议为此使用一个单独的功能，从而使其更容易与其他元素分开进行开发和测试。
def process_line(line_parts):
out = line_parts[:1]
for part in line_parts[1:]:
if part == "-":
out.extend('00')
else:
out.extend(part)
return out
这给出了，例如
>>> process_line(['1', 'aa', '-'])
['1', 'a', 'a', '0', '0']
>>> process_line(['1', 'ab', 'bb'])
['1', 'a', 'b', 'b', 'b']
您可以使用以下命令轻松地将其用空格分隔str.join：
>>> " ".join(['1', 'a', 'a', '0', '0'])
'1 a a 0 0'
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