我有一个一般性问题，我认为这可以归结为某种范围界定问题。
以下是利用biomaRt的getSequence（）函数的公式的摘要。用户输入自定义功能（1）基因名称，以及可选的（2）上游要导入的碱基对数量。
# Load libraries
library(biomaRt)
# Let's make a custom "getSequence" function
getUpstream <- function(x, bp.upstream = 50){
bp.upstream <- bp.upstream
ensembl <- useMart("ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl")
upstream.master <- NULL
for(i in x){
upstream.i <- getSequence(id = i,
type = "hgnc_symbol",
seqType = "coding_gene_flank",
upstream = bp.upstream,
mart = ensembl
)
upstream.master <- rbind(upstream.master, upstream.i)
}
return(upstream.master)
}
假设我使用此功能运行搜索，但未指定上游碱基对的数量，例如：
getUpstream("NOTCH4")
出乎意料的是，如果没有以下行，该函数将无法正常工作：
bp.upstream <- bp.upstream
其他行，如print（bb.upstream）也会使代码正常工作。
我以为bp.upstream会在调用函数时定义，因此一旦调用getSequence就会将上游设置为50。谁能帮我理解为什么不呢？
这里是一种避免范围问题的解决方法。
# Load libraries
library(biomaRt)
# Let's make a custom "getSequence" function
getUpstream <- function(x, bp.upstream = 50){
ensembl <- useMart("ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl")
upstream.master <- lapply(x, function(i,stream)
getSequence(id = i,
type = "hgnc_symbol",
seqType = "coding_gene_flank",
upstream = stream,
mart = ensembl),stream=bp.upstream)
upstream.master
}
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