我想创建一个docker映像,以便在以交互方式运行它时,已经激活了conda环境。
当前状态:
docker run -it my_image
(base) root@1c32ba066db2:~# conda activate my_env
(my_env) root@1c32ba066db2:~#
所需状态:
docker run -it my_image
(my_env) root@1c32ba066db2:~#
更多信息:
在我的Dockerfile中,我包含了RUN
安装conda,创建环境以及激活环境的所有必需命令。相关部分转载于下。
SHELL [ "/bin/bash", "--login", "-c" ]
...
# Install miniconda.
ENV CONDA_DIR $HOME/miniconda3
RUN wget --quiet https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O ~/miniconda.sh && \
chmod +x ~/miniconda.sh && \
~/miniconda.sh -b -p $CONDA_DIR && \
rm ~/miniconda.sh
# Make non-activate conda commands available.
ENV PATH=$CONDA_DIR/bin:$PATH
# Make conda activate command available from /bin/bash --login shells.
RUN echo ". $CONDA_DIR/etc/profile.d/conda.sh" >> ~/.profile
# Make conda activate command available from /bin/bash --interative shells.
RUN conda init bash
# Create and activate the environment.
RUN conda env create --force -f environment.yml
RUN conda activate my_env
当我运行此命令时,conda activate my_env
似乎可以运行并成功。但是当我与之交互输入时docker run -it
,激活的env是(base)
。
另外,我尝试使用最后一个命令为CMD conda activate my_env
,但是它只是运行该命令而不进入交互模式。
每条RUN
语句(包括docker run
)都在新的shell中执行,因此不能简单地在RUN
命令中激活环境并期望它在后续RUN
命令中继续处于活动状态。
相反,您需要在外壳初始化中激活环境。该SHELL
命令已被更改为include --login
,这很棒。现在,您只需要添加conda activate my_env
到.profile
或.bashrc
:
...
# Create and activate the environment.
RUN conda env create --force -f environment.yml
RUN echo "conda activate my_env" >> ~/.profile
并确保这是在Conda添加的部分之后。
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