我的问题是如何对2型Anova（混合效应模型）进行事后分析？到目前为止，我正在使用glmer()来自“ lme4”软件包的，Anova()来自“ car”软件包的，并尝试通过“ agricolae”软件包运行HSD测试。
经过一段时间的搜索，这是我能找到的最好的，但是，这样做时我收到一条错误消息。有谁知道如何解决这个问题或我做错了什么？或执行此操作的其他方法？
library(lme4)
totaldiversity.model <- glmer(totaldiversity ~ focalspecies + (1|site), family = "poisson", data = data, na.action=na.fail)
library(car)
totaldiv.anova = Anova(totaldiversity.model, type = "II")
library(agricolae)
totaldiv.tukey = HSD.test(totaldiv.anova, "focalspecies", group=TRUE, console=TRUE)
出现错误消息： Error in HSD.test(totaldiv.anova, "focalspecies", group = TRUE, console = TRUE, : argument "MSerror" is missing, with no default
先感谢您！
我遵循了Ben Bolker发布的链接（glmer的事后测试），该链接使我使用glht()了multcomp软件包中的函数。这就是glmer()使用2型Anova混合效果模型进行多重比较分析（Tukey）时解决方案的外观。需要“ multcomp”，“ lme4”和“ car”软件包。
totaldiversity.model <- glmer(totaldiversity ~ focalspecies + (1|site), family = "poisson", data = data, na.action=na.fail)
summary(totaldiversity.model)
Anova(totaldiversity.model, type = "II")
summary(glht(totaldiversity.model, mcp(focalspecies="Tukey")))
感谢大家！
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