R：具有两个分组顺序和三列数据的堆叠条形图

我和我的同事正在尝试创建一个堆叠的条形图，该条形图首先按RIL（在x轴上）分组，然后按进行分组Trt，其中Trt（处理）聚在一起并按颜色区分。我们还希望通过处理标记每个簇内的每个条形图Trt。

堆叠的条形图表示的计算平均值SW_Before和SW_After（注意，样本数据中有一个RIL数字206，其中有不止一排数据）。

我原本以为数据的两列合并SW_Before和SW_After，但控制处理Trt不包含数据SW_Before和SW_After但仍然必须包含在图中。因此，SW_Total对于每个控制群集，将来自的第三列数据绘制为RIL

我对R和数据组织领域比较陌生，所以请原谅我的业余能力。

以下是我的数据的可复制示例：

data1 <- read.table (text= "Plant RIL Trt SW_Before SW_After SW_Total 
1 85 206 Early 0.380 2.27 2.65
2 88 166 Early 0 0.311 0.311
3 92 Lindo Early 0 0.663 0.633
4 94 158 Early 0.0738 0.596 0.669 
5 95 23 Early 0.0252 0.543 0.795
6 97 Lica Early 0 0.646 0.646
7 104 166 Peak 0.227 0.261 0.488
8 108 Lica Peak 0.0705 0.816 0.887
9 113 Lindo Late 0.628 0 0.628
10 115 206 Late 0.544 1.05 1.60
11 115 206 Control NA NA 1.50", sep="", header=T)    

我意识到，创建该图比想象的要困难得多，因此，非常感谢您提供任何帮助/指导。

编辑：

现在我试图绘制平均值variable（包括SW_Total，SW_Before和SW_After）的RIL和Trt。这是我的代码：

melted1 <- melt(data.baSW, id=c("Plant", "RIL", "Trt"))
melted1 <- subset(melted1, RIL %in% c("158", "166", "206", "23", "Licalla", "Lindo"))


melted1 %>%
  group_by(Trt, RIL, variable) %>%
  mutate(mean.SW_Total = mean(value)) %>%
  ggplot(aes(x = RIL, y = mean.SW_Total, fill = variable)) + 
  geom_bar(stat = 'identity', position = 'stack') + facet_grid(~ Trt)

编辑2

我已经升级了代码以响应我的编辑＃1。我相信这是正确的代码，但验证会很好。

melted1 %>%
  ggplot(aes(x = RIL, y = value, fill = variable)) + 
  geom_bar(stat = 'summary', position = 'stack', fun.y = "mean") + facet_grid(~ Trt)