Как правильно построить ICE в R?

user9128740

Я хочу построить индивидуальное условное ожидание (ICE), и у меня есть следующий сегмент кода:

library(caret)
library(gridExtra)
library(grid)
library(ggridges)
library(ggthemes)
library(iml)
library(partykit)
library(rpart)
library(tidyverse)

theme_set(theme_minimal())
set.seed(88)

kfolds <- 3

load_dataset <- function() {
  dataset <- read_csv("https://gist.githubusercontent.com/dmpe/bfe07a29c7fc1e3a70d0522956d8e4a9/raw/7ea71f7432302bb78e58348fede926142ade6992/pima-indians-diabetes.csv", col_names=FALSE)  %>%
    mutate(X9=as.factor(ifelse(X9== 1, "diabetes", "nondiabetes")))
  X = dataset[, 1:8]
  Y = dataset$X9
  return(list(dataset, X, Y))
}

compute_rf_model <- function(dataset) {
  index <- createDataPartition(dataset$X9,
                               p=0.8,
                               list=FALSE,
                               time=1)

  dataset_train <- dataset[index,]
  dataset_test <- dataset[-index,]

  fit_control <- trainControl(method="repeatedcv",
                              number=kfolds,
                              repeats=1,
                              classProbs=TRUE,
                              savePredictions=TRUE,
                              verboseIter=FALSE,
                              allowParallel=FALSE,
                              summaryFunction=defaultSummary)

  rf_model <- train(X9~.,
                    data=dataset_train,
                    method="rf",
                    preProcess=c("center","scale"),
                    trControl=fit_control,
                    metric="Accuracy",
                    verbose=FALSE)
  return(list(rf_model, dataset_train, dataset_test))
}


main <- function() {
  data <- load_dataset()
  dataset <- data[[1]]
  X <- data[[2]]
  Y <- data[[3]]

  rf_model_data <- compute_rf_model(dataset)
  rf_model <- rf_model_data[[1]]
  dataset_train <- rf_model_data[[2]]
  dataset_test <- rf_model_data[[3]]

  X <- dataset_train    %>%
    select(-X9) %>%
    as.data.frame()

  predictor <- Predictor$new(rf_model, data=X, y=dataset_train$X9)

  ice <- FeatureEffect$new(predictor, feature="X2", center.at=min(X$X2), method="pdp+ice")
  ice_plot_glucose <- ice$plot() + 
    scale_color_discrete(guide="none") +
    scale_y_continuous("Predicted Diabetes")
  ice <- FeatureEffect$new(predictor, feature="X4", center.at=min(X$X4), method="pdp+ice")
  ice_plot_insulin <- ice$plot() + 
    scale_color_discrete(guide="none") +
    scale_y_continuous("Predicted Diabetes")
  grid.arrange(ice_plot_glucose, ice_plot_insulin, ncol=1)

}

if (!interactive()) {
  main()
} else if (identical(environment(), globalenv())) {
  quit(status = main())
}

Сюжет, который я получаю в конце, выглядит так:

введите описание изображения здесь

И этот сюжет выглядит не так хорошо, как некоторые онлайн-сюжеты ICE, например, этот ниже:

введите описание изображения здесь

Есть идеи, почему это происходит? Я считаю, что данные, которые у меня есть, похожи на данные, представленные в сообщении выше, по крайней мере, с точки зрения стоимости.

Куризо

Проблема в том, что предиктор дает метки классов вместо вероятностей классов.

Изменение

predictor <- Predictor$new(rf_model, data=X, y=dataset_train$X9)

к

predictor <- Predictor$new(rf_model, data=X, y=dataset_train$X9, type = "prob")

должен исправить ваши сюжеты.

См. Эти фиксированные графики PD

Эта статья взята из Интернета, укажите источник при перепечатке.

Если есть какие-либо нарушения, пожалуйста, свяжитесь с[email protected] Удалить.

Отредактировано в
0

я говорю два предложения

0обзор
Войти в системуУчаствуйте в комментариях

Статьи по теме

NoValueFactoryException при использовании Zeroc Ice с Java

Приложение не совместимо с Ice Cream Sandwich

Файл ICE Faces Путь к входному файлу и свойства имени файла

Вращение изображения Android не работает в Ice Cream Sandwich

DOMException: ошибка обработки кандидата ICE

Необходим ли ICE для клиент-серверных приложений WebRTC?

Почему мой запрос Ice Candidate срабатывает 6 раз вместо 1?

Как в CrafterCMS добавить ICE к элементу в повторяющейся группе?

Как STUN выполняет проверку подключения ICE к парам кандидатов?

Разница между заданиями ON ICE и ON HOLD в Autosys

Wix ICE32: возможные неверно выровненные внешние ключи

Будет ли кеширование кандидатов ICE и sdp не работать, даже если мы точно знаем маршрут соединения?

NoValueFactoryException при использовании Zeroc Ice - нарезанный или компактный формат?

Атрибут целостности сообщения WebRTC ICE-Stun

WebRTC - отсутствие потоков, очевидно, означает отсутствие переходов ICE

Sinch CallBack API: зависание в событии ICE

Вычислительные основы для кандидата в протокол Interactive Connectivity Establishment (ICE)

Я запустил контейнер докеров в bluemix, и ice ps несколько часов показывает мой контейнер в состоянии «В очереди».

подключение ice4j в Интернете

Ошибка WiX Ice64 для родительского каталога ярлыка

Копировать текст из редактора ICE в буфер обмена

ZeroC ICE: в чем разница между интерфейсами и классами?

Ошибка при получении Ice Config в Xirsys

Кандидаты ICE собраны только из одного сетевого интерфейса

ICE61: этот продукт должен удалять только старые версии самого себя. Максимальная версия не меньше, чем у текущего продукта.

Отсутствует кандидат srflx ice в Windows Server 2012 R2

Есть ли какой-нибудь надежный документ или RFC по реализации ICE Lite?

Нет модуля с именем "ICE"

Проверка подключения ICE - ответы привязки STUN через TURN

TOP список

  1. 1

    Распределение Рэлея Curve_fit на Python

  2. 2

    Merging legends in plotly subplot

  3. 3

    В типе Observable <unknown> отсутствуют следующие свойства из типа Promise <any>.

  4. 4

    TypeError: store.getState não é uma função. (Em 'store.getState ()', 'store.getState' é indefinido, como posso resolver esse problema?

  5. 5

    Как в точности работает внутренний пул потоков Nodejs?

  6. 6

    ViewPager2 мигает / перезагружается при смахивании

  7. 7

    How do I search for an entry out of two SQL tables and know which table it came from?

  8. 8

    Как я могу нарисовать заполненный прямоугольник в JFreeChart?

  9. 9

    Невозможно запустить iReports 5.6.0 с Netbeans 8 и JDK 1.8

  10. 10

    Как добавить заголовок в легенду для двух независимых групп, состоящих из трех подгрупп?

  11. 11

    Камунда - Фильтровать список задач по назначенной группе

  12. 12

    Проверьте, была ли новая вкладка открыта с помощью puppeteer

  13. 13

    JavaFX TextArea как установить текст с автоматическим переносом новой строки

  14. 14

    Как запустить скрипт node js из скрипта powershell и использовать вывод скрипта node js в скрипте powershell?

  15. 15

    Элемент "эллипс", созданный с помощью JS, не отображается в HTML

  16. 16

    Два ArrayList один адаптер RecyclerView

  17. 17

    Ошибка при использовании CONVERT при выборе из OPENJSON

  18. 18

    Как перезапустить приложение JavaFX при нажатии кнопки

  19. 19

    невозможно соединить intelliJ с Docker Machine

  20. 20

    Невозможно понять дерево вызовов jprofiler

  21. 21

    Slick Carousel + Проблема форматирования аккордеона

популярныйтег

файл