Não é possível executar o R Shiny na linha de comando

Seu arquivo de código não possui nenhum código R brilhante, este é apenas um arquivo Rmarkdown. Flexdashboard pode usar brilhante, mas não tem brilho por padrão. você precisa runtime: shiny(assim como o pacote Rmarkdown) para utilizar a funcionalidade brilhante. Então, para mim, abri meu terminal no diretório onde meu arquivo .Rmd foi salvo e executei o que John e você sugeriram, mas estou no Mac, então foi um pouco diferente Rscript -e "rmarkdown::run('delete.Rmd', shiny_args=list(launch.browser=TRUE))"... o que renderizou o arquivo Rmd e automaticamente abriu o navegador com o arquivo HTML, incrível!

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title: "Test"
output: 
  flexdashboard::flex_dashboard:
    orientation: columns
    vertical_layout: fill
runtime: shiny
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```{r setup, include=FALSE}
library(flexdashboard)
library(tidyverse)
library(rmarkdown)
```

```{r plot1}
ggplot(mpg, mapping = aes(x = displ, y = hwy)) +
  geom_point(mapping = aes(color = class)) +
  geom_smooth(
  data = filter(mpg, class == "subcompact"),
  se = FALSE
)
```