セレンJavaを使用してIEブラウザで実行されるアプリケーションのモーダルダイアログボックスが識別されない

モーダルダイアログに切り替えられないということですか？はいの場合は、以下のコード行を参照すると、親ウィンドウからモーダルダイアログに切り替えるのに役立つ場合があります。

 String parentWindowHandler = driver.getWindowHandle(); // Store your parent window
String subWindowHandler = null;

Set<String> handles = driver.getWindowHandles(); // get all window handles
Iterator<String> iterator = handles.iterator();
while (iterator.hasNext()){
    subWindowHandler = iterator.next();
}
driver.switchTo().window(subWindowHandler); // switch to popup window

// Now you are in the popup window, perform necessary actions here

driver.switchTo().window(parentWindowHandler);  // switch back to parent window

参照：

Javaを使用してSeleniumWebDriverでポップアップを処理する方法

上記の説明から何かを誤解した場合は、サンプルコードを使用して問題に関する詳細な説明を提供してみてください。もう一度問題を確認し、提案を提供しようとします。