Imagemagick convertir cambiar el tamaño y luego recortar

Se podría utilizar el área de relleno ( ^) modificador de la geometría en la -resizeoperación de unificar la baja escala. Para recortar el centro, -extentcon -gravity Centerfuncionará.

convert input.jpg -resize 100x100^ \
                  -gravity Center  \
                  -extent 100x100  \
        output.jpg

Actualizar

Como Mark Setchell señaló en los comentarios, la mogrifyutilidad se puede aprovechar para convertir elementos por lotes.

mogrify -path ./path/to/write/results/ \
        -resize 100x100^ \
        -gravity Center  \
        -extent 100x100  \
        ./path/to/source/files/*

Recordatorio: Mogrify sobrescribirá el archivo original con las imágenes resultantes, a menos que establezca el -pathparámetro.