Correlacionar valores distintos de cero en un conjunto de columnas con una columna final en R

Zoidberg_OuuuO

Tengo una matriz de datos de 300 filas y columnas de 2010 donde todas las columnas, excepto la última, contienen una mezcla de valores 0 y datos de recuento distintos de cero. La columna final contiene medidas para una variable con la que quiero correlacionar las otras columnas. Me gustaría obtener la correlación específicamente con los valores distintos de cero de las primeras columnas de 2009 solo (ya hice una correlación que incluye valores cero y quiero comparar los resultados). ¿Hay alguna manera de que pueda modificar el siguiente código para darme una correlación basada en ÚNICAMENTE valores distintos de cero de cada columna?

> nrow(cor5.mat)
[1] 300

> ncol(cor5.mat)
[1] 2010

#last column is named "Smoking"

out5 <- as.data.frame(cor(cor5.mat, cor5.mat$Smoking))   
jsv
cor5.mat_1 <- cor5.mat
cor5.mat_1[cor5.mat_1==0] <- NA

cor(cor5.mat_1[,-1],use="pairwise.complete.obs")

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