获取与两个fastq文件不同的记录

桑克

我有2个fastq文件F1.fastq和F2.fastq。F2.fastq是一个较小的文件,是从F1.fastq读取的子集。我想读取F1.fastq中的内容,而不是F2.fastq中的内容。以下python代码似乎无效。您可以建议修改吗?

needed_reads = []

reads_array = []

chosen_array = []

for x in Bio.SeqIO.parse("F1.fastq","fastq"):

        reads_array.append(x)

for y in Bio.SeqIO.parse("F2.fastq","fastq"):

        chosen_array.append(y)

for y in chosen_array:

        for x in reads_array:

                if str(x.seq) != str(y.seq) : needed_reads.append(x)

output_handle = open("DIFF.fastq","w")

SeqIO.write(needed_reads,output_handle,"fastq")

output_handle.close()
阿南德·库玛(Anand S Kumar)

您可以使用集完成你的要求,你可以转换list1set,然后list2set,然后做set(list1) - set(list2),它会给项目在list1不在list2

样例代码-

needed_reads = []

reads_array = []

chosen_array = []

for x in Bio.SeqIO.parse("F1.fastq","fastq"):

        reads_array.append(x)

for y in Bio.SeqIO.parse("F2.fastq","fastq"):

        chosen_array.append(y)

needed_reads = list(set(reads_array) - set(chosen_array))

output_handle = open("DIFF.fastq","w")

SeqIO.write(needed_reads,output_handle,"fastq")

output_handle.close()

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