我使用“ sub”脚本在LINUX HPC上提交了R脚本。我已经在R中编写了一个函数以应用于列表。但是，一旦遇到错误的文件，它将停止运行。如何编写R函数，以使其跳过错误并在良好的netcdf文件上继续运行？剧本：
##list files in the SEVIRI data folder
LST1<-list.files(pattern="GT_SSD.*\\.nc",recursive=T, path="/data atsr/SEVIRI/2007")
##Function to create rasters
fun2<-function(x){
##Open the files
y1<-nc_open(x)
##Get soil moisture variable
y2<-ncvar_get( y1,"LST")
y3<-t(y2)
R1<-raster(y3, xmn=-80,xmx=80,ymn=-42,ymx=80)
proj4string(R1)<-CRS("+proj=longlat +ellps=WGS84")
frm <- extent(c(-19, 19,2,29))
pfrm <- as(frm, 'SpatialPolygons')
R3<-crop(R1,pfrm)}
当我应用该功能时
LST2<-lapply(LST1,fun2)
错误消息是：
Error in nc_open(x) :
Error in nc_open trying to open file GT_SEV_2P/GT_SSD- L2-SEVIR_LST_2-20110122_010000-LIPM-0.05X0.05-V1.0.nc
一旦发生这种情况，脚本将停止运行。请问我如何确保它能继续保持良好状态？上面的代码只是第一组代码。
这是带有的示例try。请注意，我大大简化了您的功能。由于我没有您的数据，我不确定这一点，但是在大多数情况下，这种更为直接的方法是可行的。您当然不需要创建SpatialPolygons对象以用于裁剪。
fun2 <- function(x, ext) {
R1 <- try(raster(x, var="LST"), silent=TRUE)
if (class(R1) == 'try-error') {
return(NA)
}
frm <- extent(c(-19, 19, 2, 29))
crop(R1, frm)
}
x <- lapply(LST1, fun2)
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