我有一个.fa文件,其中包含核苷酸的安全性列表。是这样的
AGCTAGAGAGACTAGACTAGA
GATCAGTACATGATCTAGGAT
加泰格猫
我需要以某种方式在python中打开文件,并创建一个2维数组,该数组包含.fa文件的行以及每行文件的字母作为行。谢谢你的帮助!!!!
如果您有兴趣让矩阵成为列表列表,则可以通过列表理解轻松地做到这一点。
with open("myfile.fa","rt") as infile:
matrix = [list(line.strip()) for line in infile.readlines()]
print matrix
另一方面,如果您希望拥有一个numpy
矩阵(请注意,这需要您已安装numpy
):
import numpy
with open("myfile.fa","rt") as infile:
matrix = numpy.matrix([list(line.strip()) for line in infile.readlines()])
print matrix
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