如何在R中保留文本文件（.cel）的行和列格式

Hashim 发表于 Dev

哈希姆

我在R中阅读了一个文本文件，如下所示，具有1354896行和5列。

我尝试了read.table()，然后read.delim()上传了文件，但是上传后文件的格式发生了变化。它将所有内容转换为单个列。

OffsetY=0
GridCornerUL=258 182
GridCornerUR=8450 210
GridCornerLR=8419 8443
GridCornerLL=228 8414
Axis-invertX=0
AxisInvertY=0
swapXY=0
DatHeader=[19..65528]  PA-D 102 Full:CLS=8652 RWS=8652 XIN=1  YIN=1  VE=30        2.0 11/04/03 12:49:30 50205710  M10      HG-U133_Plus_2.1sq                  6
Algorithm=Percentile
AlgorithmParameters=Percentile:75;CellMargin:2;OutlierHigh:1.500;OutlierLow:1.004;AlgVersion:6.0;FixedCellSize:TRUE;FullFeatureWidth:7;FullFeatureHeight:7;IgnoreOutliersInShiftRows:FALSE;FeatureExtraction:TRUE;PoolWidthExtenstion:2;PoolHeightExtension:2;UseSubgrids:FALSE;RandomizePixels:FALSE;ErrorBasis:StdvMean;StdMult:1.000000

[INTENSITY]
NumberCells=1354896
CellHeader=X    Y   MEAN    STDV    NPIXELS
  0   0 147.0   23.5     25
  1   0 10015.0 1276.7   25
  2   0 160.0   24.7     25
  3   0 9710.0  1159.8   25
  4   0 85.0    14.0     25
  5   0 171.0   21.0     25
  6   0 11648.0 1678.4   25
  7   0 163.0   30.7     25
  8   0 12044.0 1430.1   25
  9   0 169.0   25.7     25
 10   0 11646.0 1925.6   25
 11   0 176.0   30.7     25

读取后，格式更改如下所示：

阅读后的数据图片

我想保留行和列的格式
我想删除之前所有的内容[intensity]一样(offset, GridCornerUL, so on)显示在第一个文件。

阿克伦

当你正在使用linux，另一种选择是pipe在awk用read.table或fread

read.table(pipe("awk 'NR==1, /NumberCells/ {next}{print}' Hashim.txt"),
      header=TRUE, check.names=FALSE)
#    CellHeader=X Y  MEAN   STDV NPIXELS
#1             0 0   147   23.5      25
#2             1 0 10015 1276.7      25
#3             2 0   160   24.7      25
#4             3 0  9710 1159.8      25
#5             4 0    85   14.0      25
#6             5 0   171   21.0      25
#7             6 0 11648 1678.4      25
#8             7 0   163   30.7      25
#9             8 0 12044 1430.1      25
#10            9 0   169   25.7      25
#11           10 0 11646 1925.6      25
#12           11 0   176   30.7      25

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