正确安装和配置openJDK和R

马可

我是Ubuntu的新手,所以我不知道很多命令可能已经成为很多人的标准命令。我正在尝试设置R以及安装它所必需的Java依赖关系,例如JGR,rjava等。我通读了很多说明以实现此目的,但是以某种方式我一定做错了。这是R和Java的状态:

R --version

R version 2.14.1 (2011-12-22)
Copyright (C) 2011 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

java -version

java version "1.6.0_23"
OpenJDK Runtime Environment (IcedTea6 1.11pre) (6b23~pre11-0ubuntu1.11.10.1)
OpenJDK 64-Bit Server VM (build 20.0-b11, mixed mode)

R CMD javareconf

Java interpreter : /usr/bin/java
Java version     : 1.6.0_23
Java home path   : /usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre
Java compiler    : /usr/bin/javac
Java headers gen.: /usr/bin/javah
Java archive tool: /usr/bin/jar
Java library path: /usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/lib/amd64/server:/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/lib/amd64:/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/../lib/amd64:/usr/java/packages/lib/amd64:/usr/lib/jni:/lib:/usr/lib
JNI linker flags : -L/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/lib/amd64/server -L/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/lib/amd64 -L/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/../lib/amd64 -L/usr/java/packages/lib/amd64 -L/usr/lib/jni -L/lib -L/usr/lib -ljvm
JNI cpp flags    : 

但是,当我尝试在R中安装'JavaGD'时,这是JGR的依赖项,我得到:

...
checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/bin/java'
cpp flags   : ''
java libs   : '-L/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/lib/amd64/server -L/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/lib/amd64 -L/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/../lib/amd64 -L/usr/java/packages/lib/amd64 -L/usr/lib/jni -L/lib -L/usr/lib -ljvm'
configure: error: One or more Java configuration variables are not set.
Make sure R is configured with full Java support (including JDK). Run
R CMD javareconf
as root to add Java support to R.
...

任何帮助将不胜感激。谢谢!

悠悠

我不熟悉R,但是根据您的控制台,似乎R在您拥有JRE作为默认JAVA主变量时需要JDK。我建议您确保已安装或安装了JDK(sudo apt-get install openjdk-6-jdk)。
还要确保您的JAVA_HOME环境变量指向JDK而不是JRE(您可以在输出中看到当前Java home路径设置为/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre

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