我想使用Bash手动将Fastq文件编辑为多个相似的行。
在Fastq文件中，序列读取从第2行开始，然后每四行找到一次（即第2、6、10、14等行）。
我想创建一个与Fastq文件相同的编辑后的文本文件，不同之处在于将整理读取的前6个字符修剪掉了。
未经编辑的Fastq：
@M03017:21:000000000
GAGAGATCTCTCTCTCTCTCT
+
111>>B1FDFFF
编辑的Fastq：
@M03017:21:000000000
TCTCTCTCTCTCTCT
+
111>>B1FDFFF
GNU sed可以做到这一点：
sed -i~ '2~4s/^.\{6\}//' file
地址的2~4意思是“从第2行开始，每4行重复一次”。
s表示替换，^匹配行首，.匹配任何字符，\{6\}指定长度（“量词”）。替换字符串为空（//）。
-i~将文件替换到位，并~在文件名后附加备份。
本文收集自互联网，转载请注明来源。
如有侵权，请联系 [email protected] 删除。
我来说两句