给定一个数据框 dna
> dna
chrom start
chr2 39482
chr1 203918
chr1 198282
chrX 7839028
chr17 3874
以下代码dna按$chrom字母升序和$start数字升序重新排序：
> dna <- dna[with(dna, order(chrom, start)), ]
> dna
chrom start
chr1 198282
chr1 203918
chr17 3874
chr2 39482
chrX 7839028
但是，我希望可以$chrom按以下顺序订购（为方便起见，在此简化）：
chrom_order <- c("chr1","chr2", "chr17", "chrX")
我不允许重命名的东西，例如chr1对chr01。
您需要指定levelsin factor，然后order与索引一起使用：
zz <- "chrom start
chr2 39482
chr1 203918
chr1 198282
chrX 7839028
chr17 3874"
Data <- read.table(text=zz, header = TRUE)
library(Hmisc)
library(gdata)
Data$chrom <- reorder.factor(Data$chrom , levels = c("chr1","chr2", "chr17", "chrX"))
Data[order(Data$chrom), ]
chrom start
2 chr1 203918
3 chr1 198282
1 chr2 39482
5 chr17 3874
4 chrX 7839028
或者您可以使用以下方法：
> Data$chrom <- factor(chrom , levels = c("chr1","chr2", "chr17", "chrX"))
> Data[order(Data$chrom), ]
chrom start
2 chr1 203918
3 chr1 198282
1 chr2 39482
5 chr17 3874
4 chrX 7839028
或使用此：
> Data$chrom <- reorder(Data$chrom, new.order=c("chr1","chr2", "chr17", "chrX"))
> Data[order(Data$chrom), ]
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