多个域的robots.txt文件的位置

我的网站位于子文件夹中，但是我为该子文件夹分配了一个域，因此即使我在子文件夹中安装了Joomla，robots.txt文件的位置也为www.example.com/robots.txt。

这样对吗？因为Google网站站长工具不会将robots.txt中指定的网址列为已阻止状态。