按名称字段排序?

费尔南多·马丁内斯

我正在尝试对以下文件进行排序

http://pastebin.com/EqA2SUMy

但是我要排序的部分是11字段,并且仅当第一个字段是atom时。这是一个例子

  ATOM     33  CG  ASP A 438       8.283  24.407 131.412  1.00 17.18           C  
 ATOM     34  OD1 ASP A 438       9.153  23.597 131.783  1.00 17.73           O  
 ATOM     35  OD2 ASP A 438       7.530  25.009 132.208  1.00 18.39           O  
 ATOM     36  N   PHE A 439       5.102  23.813 128.903  1.00 12.35           N  
 ATOM     37  CA  PHE A 439       3.680  23.598 129.138  1.00 12.15           C  

我知道如何根据字段对文件进行排序。例如,对于我的文件,它将是

            sort -k11 <\file path >

基于第11个字段进行排序,但是仅当第一个字段是原子b / c时,才如何使它排序,有些字段会转到11并以HETATM开头。

混乱

如果我理解正确,这应该可以工作,您只希望以开头的行ATOM

sort -k11 <(awk '$1 ~ /ATOM/' file)

解释:

  • sort -k11:按第11个字段排序
  • awk '$1 ~ /ATOM/' file:仅打印带有以下内容的startig字段 ATOM
  • awk部分是输入到sort

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