我正在尝试对以下文件进行排序
但是我要排序的部分是11字段,并且仅当第一个字段是atom时。这是一个例子
ATOM 33 CG ASP A 438 8.283 24.407 131.412 1.00 17.18 C
ATOM 34 OD1 ASP A 438 9.153 23.597 131.783 1.00 17.73 O
ATOM 35 OD2 ASP A 438 7.530 25.009 132.208 1.00 18.39 O
ATOM 36 N PHE A 439 5.102 23.813 128.903 1.00 12.35 N
ATOM 37 CA PHE A 439 3.680 23.598 129.138 1.00 12.15 C
我知道如何根据字段对文件进行排序。例如,对于我的文件,它将是
sort -k11 <\file path >
基于第11个字段进行排序,但是仅当第一个字段是原子b / c时,才如何使它排序,有些字段会转到11并以HETATM开头。
如果我理解正确,这应该可以工作,您只希望以开头的行ATOM
。
sort -k11 <(awk '$1 ~ /ATOM/' file)
解释:
sort -k11
:按第11个字段排序awk '$1 ~ /ATOM/' file
:仅打印带有以下内容的startig字段 ATOM
awk
部分是输入到sort
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