如何从源代码安装软件并告诉apt-get我已经安装了该版本？

你不能 而且在大多数情况下，除非绝对没有其他方法，否则您不应该安装裸露的源码包。使用来自Ubuntu的软件包，或从Debian或其他任何版本构建源软件包。您确实要使用Debianized源。

但是，您可以构建/修改源程序包：

apt-get source some-package

然后，进行任何更改后，构建一个二进制包：

cd source-directory
debuild -S

现在，您可以安装.deb软件包。

编辑：我迟来了checkinstall。您可以使用checkinstall替换该make install步骤。您会得到的东西看起来很像您最初提出的问题，尽管我上次checkinstall（几年前）工作时，这还远远不够完美。我提到的其他选择都比这个更好。