我有一个39列(向上有100000行)的数据框,其最后十列看起来像这样(其余列与我的问题无关)
H3K27me3_gross_bin H3K4me3_gross_bin H3K4me1_gross_bin UtoP UtoM UPU UPP UPM UMU UMP UMM
cg00000029 3 3 6 1 1 0 0 0 0 0 0
cg00000321 6 1 5 1 0 0 1 0 0 0 0
cg00000363 6 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0
cg00000622 1 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0
cg00000714 2 5 6 1 0 0 0 0 0 0 0
cg00000734 2 6 2 0 0 0 0 0 0 0 0
我想创建一个矩阵,该矩阵将:
a)按前三列(H3K27me3_gross_bin,H3K4me3_gross_bin,H3K4me1_gross_bin)中的每一列计算UPU,UPP或UPM值列为1的行数b)通过前三列对UPU,UPP,UPM列的每一行求和列
我想出了一种非常繁琐的方法:
UtoPFrac<-seq(6)
UtoPTotEvents<-seq(6)
for (j in 1:3){
y<-df[,28+j]
for (i in 1:3){
UtoPFrac<-cbind(UtoPFrac,tapply(df[which(is.na(y)==FALSE),33+i],y[which(is.na(y)==FALSE)], function(x) length(which(x==1))))
}
}
UtoPFrac<-UtoPFrac[,2:10]
UtoPEvents<-cbind(rowSums(UtoPFrac[,1:3]),rowSums(UtoPFrac[,4:6]),rowSums(UtoPFrac[,7:9]))
我是certian,有一种更优雅的方式可以执行此操作,可能是通过使用aggregate()或ddply(),但无法使此工作正常。我会更有效地帮助您
提前致谢
未经测试:
library(plyr)
dpply(df,.(H3K27me3_gross_bin, H3K4me3_gross_bin, H3K4me1_gross_bin), summarize, UPUl=length(UPU[which(UPU==1)]),UPPl=length(UPP[which(UPP==1)]),UPMl=length(UPM[which(UPM==1)]), mysum=sum( UPU + UPP + UPM))
PS如果您dput
提供了数据并提供了预期的输出,我将测试上面的代码
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