我在同一纳米样品平台上运行了两次相同的样品，运行了两次。现在，我想合并每次运行生成的96个条形码文件。
所以我在文件夹中的文件都是从条形码01到条形码96这样的
RUN1 RUN2
barcode01_filt.fastq.gz barcode01_filt.fastq.gz
现在我想，如果每个它们合并到一个单一的文件到另一个folder.The输出进出口寻找是合并后的条形码RUN1，并RUN2到另一个文件夹RUN3具有相同名称barcode01_filt.fastq.gz
任何建议或帮助将不胜感激。
更新
因此，林将问题分解为小块。首先，我将两者都放入一个文件夹中。
现在我正在两个文件夹中寻找文件
find Cov1_run/ -name "*filt.fastq.gz"
下一步将是如果两个文件夹中的名称都匹配，然后将它们合并。
上面的find命令的输出
Cov1_run/RUN2/barcode05_filt.fastq.gz
Cov1_run/RUN2/barcode68_filt.fastq.gz
Cov1_run/RUN2/barcode34_filt.fastq.gz
Cov1_run/RUN2/barcode82_filt.fastq.gz
Cov1_run/RUN2/barcode61_filt.fastq.gz
Cov1_run/RUN2/barcode69_filt.fastq.gz
Cov1_run/RUN2/barcode18_filt.fastq.gz
Cov1_run/RUN1/barcode05_filt.fastq.gz
Cov1_run/RUN/barcode68_filt.fastq.gz
Cov1_run/RUN1/barcode34_filt.fastq.gz
Cov1_run/RUN1/barcode82_filt.fastq.gz
Cov1_run/RUN1/barcode61_filt.fastq.gz
Cov1_run/RUN1/barcode69_filt.fastq.gz
Cov1_run/RUN1/barcode18_filt.fastq.gz
所以现在我必须进行匹配，例如，如果两个名称都相同，然后将它们合并为相同的名称，但是在不同的文件夹中
RUN1 barcode05_filt.fastq.gz and RUN2 barcode05_filt.fastq.gz
未经测试和概念性的，因为太大而无法评论：
cd RUN1
for fa in *.fastq.gz ; do
# Deduce name of friend
fb="../RUN2/$fa"
if [ -f "$fb" ] ; then
cat "$fa" "$fb" > "../RUN3/$fa"
fi
done
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