R no erro MacOS: memória do vetor esgotada (limite atingido?)

Anjan Bharadwaj:

Estou tentando executar um script R (em particular, estou usando a função "getLineages" do pacote Bioconductor, Slingshot .

Estou me perguntando por que o erro "memória vetorial esgotada (limite atingido?)" Está aparecendo quando uso esta função, já que não parece ser a função que consome mais memória em comparação com as outras funções neste pacote (com os dados que estou analisando).

Eu entendo que há outras questões como essa no Stackoverflow, mas todas sugerem que você mude para a versão de 64 bits do R. No entanto, já estou usando esta versão. Parece que não há outras respostas para esse problema até agora. Gostaria de saber se alguém poderia saber?

Os dados têm apenas cerca de 120 MB, o que é muito menos do que os 8 GB de RAM do meu computador.

Versão R 64 bits

Graeme Frost:

Para aqueles que usam Rstudio, descobri que essa configuração Sys.setenv('R_MAX_VSIZE'=32000000000), como foi sugerido em várias postagens StackOverflow, só funciona na linha de comando, e que a configuração desse parâmetro durante o uso de Rstudio não evita este erro:

Error: vector memory exhausted (limit reached?)

Depois de fazer mais leituras, encontrei este tópico, que esclarece o problema com o Rstudio e identifica uma solução, mostrada abaixo:

Etapa 1: Abra o terminal,

Passo 2:

cd ~
touch .Renviron
open .Renviron

Etapa 3: salve o seguinte como a primeira linha de .Renviron:

R_MAX_VSIZE=100Gb 

Observação: esse limite inclui memória física e virtual; portanto, definir _MAX_VSIZE = 16 Gb em uma máquina com 16 Gb de memória física pode não evitar esse erro. Você pode ter que brincar com este parâmetro, dependendo das especificações de sua máquina

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