我正在使用一款名为Chimera的科学软件。对于此问题下游的某些代码，它要求我使用Python 2.7。
我想调用一个流程，为该流程提供一些输入，读取其输出，并基于该输入为其提供更多输入，等等。
我曾经Popen打开过流程，process.stdin.write以传递标准输入，但是后来我陷入了试图在流程仍在运行时获取输出的麻烦。process.communicate()停止进程，process.stdout.readline()似乎让我陷入无限循环。
这是我想做的一个简化示例：
假设我有一个名为的bash脚本exampleInput.sh。
#!/bin/bash
# exampleInput.sh
# Read a number from the input
read -p 'Enter a number: ' num
# Multiply the number by 5
ans1=$( expr $num \* 5 )
# Give the user the multiplied number
echo $ans1
# Ask the user whether they want to keep going
read -p 'Based on the previous output, would you like to continue? ' doContinue
if [ $doContinue == "yes" ]
then
echo "Okay, moving on..."
# [...] more code here [...]
else
exit 0
fi
通过命令行与此交互，我将运行脚本，键入“ 5”，然后，如果返回“ 25”，则键入“ yes”，如果不是，则键入“ no”。
我想在其中传递exampleInput.sh“ 5”的地方运行一个python脚本，如果返回“ 25”，那么我传递“是”
到目前为止，这与我所能得到的差不多：
#!/home/user/miniconda3/bin/python2
# talk_with_example_input.py
import subprocess
process = subprocess.Popen(["./exampleInput.sh"],
stdin = subprocess.PIPE,
stdout = subprocess.PIPE)
process.stdin.write("5")
answer = process.communicate()[0]
if answer == "25":
process.stdin.write("yes")
## I'd like to print the STDOUT here, but the process is already terminated
但这当然失败了，因为在`process.communicate（）'之后，我的进程不再运行了。
（以防万一/仅供参考）：实际问题
Chimera通常是基于gui的应用程序，用于检查蛋白质结构。如果您运行chimera --nogui，它将打开一个提示并接受输入。
在运行下一个命令之前，我通常需要知道嵌合体的输出。例如，我经常尝试生成蛋白质表面，如果Chimera无法生成表面，则它不会破裂-只是通过STDOUT如此说。因此，在我的python脚本中，当我遍历许多蛋白质进行分析时，我需要检查STDOUT以了解是否继续对该蛋白质进行分析。
在其他用例中，我将先通过Chimera运行许多命令来清理蛋白质，然后再运行大量单独的命令来获取不同的数据，并使用该数据来决定是否运行其他数据。命令。我可以获取数据，关闭子进程，然后运行另一个进程，但这将需要每次重新运行所有这些清理命令。
无论如何，这些是我希望能够将STDIN推送到子进程，读取STDOUT并仍然能够推送更多STDIN的一些现实原因。
谢谢你的时间！
您无需process.communicate在示例中使用。
只需使用process.stdin.write和进行读写process.stdout.read。另外，请确保发送换行符，否则read不会返回。当您从stdin阅读时，还必须处理来自的换行符echo。
注意：process.stdout.read将一直阻塞到EOF。
# talk_with_example_input.py
import subprocess
process = subprocess.Popen(["./exampleInput.sh"],
stdin = subprocess.PIPE,
stdout = subprocess.PIPE)
process.stdin.write("5\n")
stdout = process.stdout.readline()
print(stdout)
if stdout == "25\n":
process.stdin.write("yes\n")
print(process.stdout.readline())
$ python2 test.py
25
Okay, moving on...
以这种方式与程序通信时，您必须特别注意应用程序实际编写的内容。最好的方法是在十六进制编辑器中分析输出：
$ chimera --nogui 2>&1 | hexdump -C
请注意，readline [1]仅读取下一个换行符（\n）。对于您的情况，您必须readline至少调用四次才能获得第一个输出块。
如果您只想读取所有内容，直到子进程停止打印，则必须逐字节读取并实施超时。可悲的是，它们都read没有readline提供这样的超时机制。这可能是因为底层的readsyscall [2]（Linux）也不提供。
在Linux上，我们可以read_with_timeout()使用poll / select编写单线程。有关示例，请参见[3]。
from select import epoll, EPOLLIN
def read_with_timeout(fd, timeout__s):
"""Reads from fd until there is no new data for at least timeout__s seconds.
This only works on linux > 2.5.44.
"""
buf = []
e = epoll()
e.register(fd, EPOLLIN)
while True:
ret = e.poll(timeout__s)
if not ret or ret[0][1] is not EPOLLIN:
break
buf.append(
fd.read(1)
)
return ''.join(buf)
如果您需要一种可靠的方式来读取Windows和Linux下的非阻塞，则此答案可能会有所帮助。
[1]来自python 2文档：
readline（限制= -1）
从流中读取并返回一行。如果指定了限制，则最多将读取限制字节。
对于二进制文件，行终止符始终为b'\ n'；对于文本文件，open（）的newline参数可用于选择识别的行终止符。
[2]来自man 2 read：
#include <unistd.h> ssize_t read(int fd, void *buf, size_t count);
[3]例子
$ tree
.
├── prog.py
└── prog.sh
程序
#!/usr/bin/env bash
for i in $(seq 3); do
echo "${RANDOM}"
sleep 1
done
sleep 3
echo "${RANDOM}"
程序
# talk_with_example_input.py
import subprocess
from select import epoll, EPOLLIN
def read_with_timeout(fd, timeout__s):
"""Reads from f until there is no new data for at least timeout__s seconds.
This only works on linux > 2.5.44.
"""
buf = []
e = epoll()
e.register(fd, EPOLLIN)
while True:
ret = e.poll(timeout__s)
if not ret or ret[0][1] is not EPOLLIN:
break
buf.append(
fd.read(1)
)
return ''.join(buf)
process = subprocess.Popen(
["./prog.sh"],
stdin = subprocess.PIPE,
stdout = subprocess.PIPE
)
print(read_with_timeout(process.stdout, 1.5))
print('-----')
print(read_with_timeout(process.stdout, 3))
$ python2 prog.py
6194
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