Docker导致“以非零退出代码退出的命令之一；请注意，snakemake使用bash严格模式！” 与Snakemake

我正在尝试从snakemake运行一个Docker容器。作业运行并产生正确的输出，但是当它们完成时，我得到了

(one of the commands exited with non-zero exit code; note that snakemake uses bash strict mode!)

snakemake尝试删除文件。

我尝试调试的事情：

• 添加|| true，set +u或exit 0在shell命令在规则

• 运行中显示的命令--printshellcmds（它们运行正常）

• 将docker命令以“严格”模式放在bash脚本中，以查看是否存在任何问题（没有）

• shell:在规则命令中打印实际的退出代码，并打印0

• 直接从snakemake运行在容器中被调用的R脚本（工作正常）

• --user $(id -u):$(id -g)建议在此处添加到docker run命令中：Snakemake要求使用非零退出代码（即使使用“ || true”）退出规则？。这失败了，因为容器中的R脚本无处可写中间文件，因为容器中我的当前用户不正确

这是snakefile规则：

rule run_biospyder:
    input: 
        counts = "{dir}/{name}_counts.csv",
        metadata = "{dir}/{name}_metadata.csv",
    output: directory("{dir}/{name}_output")
    params: 
        dockervol = "/usr/src/data"
    shell:
        """
        docker run \
        -v $PWD:{params.dockervol} biospyderpipeline \
        --config-file {params.dockervol}/config.yml \
        --counts {params.dockervol}/{input.counts} \
        --samples {params.dockervol}/{input.metadata} \
        --output {params.dockervol}/{output} \
        --name {wildcards.name}
        """