通过environment.yml文件使用conda安装R软件包

克里斯·兰兹

通常我会创建conda环境,例如...

conda env create -f environment.yml
conda activate env_name

通常我在Python中工作,其中典型的environment.yml简单文件可能看起来像这样……

name: env_name
dependencies:
  - python=3.7
  - pip=19.3
  - pandas=0.24.2
  - pip:
    - scipy==1.2.1

environment.yml安装R软件包文件应该是什么样?软件包在CRAN上

梅尔

一般的经验法则是,大多数R软件包在Anaconda Cloud中都有相应的软件包,并r-添加了前缀通常在r频道(的一个子集defaults)中找到来自CRAN的非常常见的频道,可通过访问更多频道conda-forge所有Bioconductor软件包均可通过该bioconda渠道获得,并带有bioconductor-前缀。

一个不错的起点就是简单地搜索Anaconda Cloud(示例搜索)。

假设您要使用tidyverse雨伞包。一个YAML为此

name: my_r_env
channels:
 - defaults
dependencies:
 - r-tidyverse

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