将自定义函数应用于r中的每一行

TYL 发表于 Dev

背部

我创建了一个函数来计算数据帧中一行的rollmean：

rollmean_circular <- function(x) {t(rollmean(t(cbind(x[9:10],x,x[1:2])),5))}

df <- structure(list(X1 = c(5L, 5L, 9L, 0L, 9L, 10L, 10L, 1L, 0L, 10L
), X2 = c(6L, 8L, 6L, 9L, 7L, 5L, 0L, 7L, 5L, 8L), X3 = c(10L, 
7L, 2L, 1L, 2L, 10L, 2L, 9L, 6L, 4L), X4 = c(6L, 0L, 9L, 1L, 
6L, 8L, 3L, 7L, 8L, 1L), X5 = c(0L, 9L, 8L, 3L, 1L, 8L, 3L, 9L, 
5L, 2L), X6 = c(0L, 10L, 9L, 10L, 3L, 1L, 6L, 0L, 6L, 9L), X7 = c(9L, 
10L, 0L, 10L, 10L, 9L, 0L, 1L, 10L, 2L), X8 = c(2L, 6L, 3L, 7L, 
7L, 9L, 8L, 9L, 1L, 0L), X9 = c(0L, 8L, 8L, 9L, 0L, 5L, 9L, 9L, 
4L, 8L), X10 = c(1L, 4L, 3L, 0L, 1L, 7L, 3L, 6L, 5L, 0L)), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
-10L))

   X1 X2 X3 X4 X5 X6 X7 X8 X9 X10
1   5  6 10  6  0  0  9  2  0   1
2   5  8  7  0  9 10 10  6  8   4
3   9  6  2  9  8  9  0  3  8   3
4   0  9  1  1  3 10 10  7  9   0
5   9  7  2  6  1  3 10  7  0   1
6  10  5 10  8  8  1  9  9  5   7
7  10  0  2  3  3  6  0  8  9   3
8   1  7  9  7  9  0  1  9  9   6
9   0  5  6  8  5  6 10  1  4   5
10 10  8  4  1  2  9  2  0  8   0

给定该函数的向量，它将最后2个元素附加到前面，将前2个元素附加到后面，然后进行rollmean，这样在前面或后面就不会有任何NA。

当我将1行df应用于时，它可以完美工作。

r = df[1,]
rollmean_circular[r]

  [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10]
1  4.4  5.6  5.4  4.4    5  3.4  2.2  2.4  3.4   2.8

但是，当我使用apply将此功能应用于数据框的每一行时，它返回一个logical(0)。

apply(df,1,rollmean_circular)

logical(0)

我能知道我在想什么吗？

当我应用为单行提供相同输出的另一个函数时，它将起作用：

stdize <- function(x, na.rm=T) {(x - min(x, na.rm=T)) / (max(x, na.rm=T) - min(x, na.rm=T))}

stdize(r)

   X1  X2 X3  X4 X5 X6  X7  X8 X9 X10
1 0.5 0.6  1 0.6  0  0 0.9 0.2  0 0.1

apply(df,1,stdize)

    [,1] [,2]      [,3] [,4] [,5]      [,6] [,7]      [,8] [,9] [,10]
X1   0.5  0.5 1.0000000  0.0  0.9 1.0000000  1.0 0.1111111  0.0   1.0
X2   0.6  0.8 0.6666667  0.9  0.7 0.4444444  0.0 0.7777778  0.5   0.8
X3   1.0  0.7 0.2222222  0.1  0.2 1.0000000  0.2 1.0000000  0.6   0.4
X4   0.6  0.0 1.0000000  0.1  0.6 0.7777778  0.3 0.7777778  0.8   0.1
X5   0.0  0.9 0.8888889  0.3  0.1 0.7777778  0.3 1.0000000  0.5   0.2
X6   0.0  1.0 1.0000000  1.0  0.3 0.0000000  0.6 0.0000000  0.6   0.9
X7   0.9  1.0 0.0000000  1.0  1.0 0.8888889  0.0 0.1111111  1.0   0.2
X8   0.2  0.6 0.3333333  0.7  0.7 0.8888889  0.8 1.0000000  0.1   0.0
X9   0.0  0.8 0.8888889  0.9  0.0 0.4444444  0.9 1.0000000  0.4   0.8
X10  0.1  0.4 0.3333333  0.0  0.1 0.6666667  0.3 0.6666667  0.5   0.0

杰伊

似乎您在函数中混淆了向量和矩阵。您可以unlist在函数中，然后t转入其他位置。

rollmean_circular <- function(x) zoo::rollmean(unlist(c(x[9:10], x, x[1:2])),5)

t(apply(df, 1, rollmean_circular))
#       X1  X2  X3  X4  X5  X6  X7  X8  X9 X10
#  [1,] 4.4 5.6 5.4 4.4 5.0 3.4 2.2 2.4 3.4 2.8
#  [2,] 6.4 4.8 5.8 6.8 7.2 7.0 8.6 7.6 6.6 6.2
#  [3,] 5.6 5.8 6.8 6.8 5.6 5.8 5.6 4.6 4.6 5.8
#  [4,] 3.8 2.2 2.8 4.8 5.0 6.2 7.8 7.2 5.2 5.0
#  [5,] 3.8 5.0 5.0 3.8 4.4 5.4 4.2 4.2 5.4 4.8
#  [6,] 7.4 8.0 8.2 6.4 7.2 7.0 6.4 6.2 8.0 7.2
#  [7,] 4.8 3.6 3.6 2.8 2.8 4.0 5.2 5.2 6.0 6.0
#  [8,] 6.4 6.0 6.6 6.4 5.2 5.2 5.6 5.0 5.2 6.4
#  [9,] 4.0 4.8 4.8 6.0 7.0 6.0 5.2 5.2 4.0 3.0
# [10,] 6.0 4.6 5.0 4.8 3.6 2.8 4.2 3.8 4.0 5.2

这也可以在基数R中完成（带有大部分@MattiPastell的功劳）：

fun <- function(x, n=5) na.omit(filter(c(tail(x, 2), x, head(x, 2)), rep(1 / n, n), sides=2))
t(apply(df, 1, fun))
#       [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10]
#  [1,]  4.4  5.6  5.4  4.4  5.0  3.4  2.2  2.4  3.4   2.8
#  [2,]  6.4  4.8  5.8  6.8  7.2  7.0  8.6  7.6  6.6   6.2
#  [3,]  5.6  5.8  6.8  6.8  5.6  5.8  5.6  4.6  4.6   5.8
#  [4,]  3.8  2.2  2.8  4.8  5.0  6.2  7.8  7.2  5.2   5.0
#  [5,]  3.8  5.0  5.0  3.8  4.4  5.4  4.2  4.2  5.4   4.8
#  [6,]  7.4  8.0  8.2  6.4  7.2  7.0  6.4  6.2  8.0   7.2
#  [7,]  4.8  3.6  3.6  2.8  2.8  4.0  5.2  5.2  6.0   6.0
#  [8,]  6.4  6.0  6.6  6.4  5.2  5.2  5.6  5.0  5.2   6.4
#  [9,]  4.0  4.8  4.8  6.0  7.0  6.0  5.2  5.2  4.0   3.0
# [10,]  6.0  4.6  5.0  4.8  3.6  2.8  4.2  3.8  4.0   5.2

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