很抱歉，如果这是基础知识，我是R的新手，从这里开始。
我想绘制以下数据的直方图（每个样本都有一个Shannon多样性指标，代表每个样本中物种的丰富度和丰度）。
这是我的数据，当前是一个数据帧（称为shannon_divplot），其中一列称为，shannon_diversity还有6个观测值。
shannon_diversity
Control1 3.309361
Control2 3.664494
Control3 3.269842
Disease1 2.572888
Disease2 1.530877
Disease3 2.357401
我想绘制一个直方图，显示每个样本的香农多样性值。然后，我希望计算一种单因素方差分析，然后进行事后Tukey测试。这是我使用的代码，奇怪的hist()是该功能只是创建一个数据框而不是实际的图形。
hist(shannon_divplot$shannondiversity,
main="Shannon Diversity",
xlab="Samples", breaks=15)
我需要将数据框转换为此吗
Samples shannon_div
1 Control1 3.309361
2 Control2 3.664494
3 Control3 3.269842
4 Disease1 2.572888
5 Disease2 1.530877
6 Disease3 2.357401
并使用诸如
plot(shannon_div ~Samples,
data=shannon_divplot,
main="Shannon Diversity", xlab="Sample" )
？
在计算方差分析时，由于未计算p值，因此也会出错。它给了我这个；
Df Sum Sq Mean Sq
Samples 5 3.084 0.6168
aov.shannon = aov(shannon_div ~Samples, data=shannon_divplot)
summary(aov.shannon)
TukeyHSD(aov.shannon)
如果这太基础了，请再次道歉，我们将不胜感激。
编辑：如果我想比较集体控制与疾病，那么每个组会有一个以上的值，我该如何安排我的数据框或代码来做到这一点？
您想要的通常更称为条形图：“直方图”通常保留用于显示连续变量的频率分布的图。barplot()将执行您想要的操作，而无需更改数据格式：
## input data
dd <- read.table(header=TRUE,text="
shannon_diversity
Control1 3.309361
Control2 3.664494
Control3 3.269842
Disease1 2.572888
Disease2 1.530877
Disease3 2.357401
")
barplot(dd$shannon_diversity,names.arg=rownames(dd),
ylab="Shannon diversity")
您的另一个问题比较难（这是一个统计问题，而不是编程问题）。除非您在组内进行复制，否则您不能在组之间进行ANOVA。由于每次处理您只有一个数据点，因此ANOVA不会产生p值。
如果您想比较对照与疾病（每个3个观察值）：
dd$grp <- sub("[1-3]","",rownames(dd))
anova(lm(shannon_diversity ~ grp, data=dd))
（在两个方差分析中进行Tukey事后测试毫无意义[我认为Tukey事后测试仍然被滥用...]）
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