如何将sklearn管道转换为pyspark管道?

anonuser9674123:

我们有一个机器学习分类器模型,该模型已通过pandas数据框和标准sklearn管道(StandardScaler,RandomForestClassifier,GridSearchCV等)进行了训练。我们正在研究Databricks,并希望使用并行计算的火花将这个管道扩展到一个大型数据集。

将sklearn管道转换为并行计算的最快方法是什么(我们可以根据需要轻松地在熊猫和Spark DF之间切换。)

对于上下文,我们的选择似乎是:

  1. 使用MLLib重写管道(耗时)
  2. 使用sklearn-spark桥接库

在选项2上,Spark-Sklearn似乎已被弃用,但Databricks 建议我们使用joblibspark。但是,这在Databricks上引发了一个例外:

from sklearn import svm, datasets
from sklearn.model_selection import GridSearchCV
from joblibspark import register_spark
from sklearn.utils import parallel_backend
register_spark() # register spark backend

iris = datasets.load_iris()
parameters = {'kernel':('linear', 'rbf'), 'C':[1, 10]}
svr = svm.SVC(gamma='auto')

clf = GridSearchCV(svr, parameters, cv=5)
with parallel_backend('spark', n_jobs=3):
    clf.fit(iris.data, iris.target)

加薪

py4j.security.Py4JSecurityException: Method public int org.apache.spark.SparkContext.maxNumConcurrentTasks() is not whitelisted on class class org.apache.spark.SparkContext
Desertnaut:

根据Databricks的说明(此处此处),必要的要求是:

  • Python 3.6+
  • pyspark>=2.4
  • scikit-learn>=0.21
  • joblib>=0.14

无法在运行Python 3.7.5,Spark 3.0.0,scikit-learn 0.22.1和joblib 0.14.1的社区Databricks集群中重现您的问题:

import sys
import sklearn
import joblib

spark.version
# '3.0.0'

sys.version
# '3.7.5 (default, Nov  7 2019, 10:50:52) \n[GCC 8.3.0]'

sklearn.__version__
# '0.22.1'

joblib.__version__
# '0.14.1'

使用以上设置,您的代码段可以平稳运行,并确实产生如下分类器clf

GridSearchCV(cv=5, error_score=nan,
             estimator=SVC(C=1.0, break_ties=False, cache_size=200,
                           class_weight=None, coef0=0.0,
                           decision_function_shape='ovr', degree=3,
                           gamma='auto', kernel='rbf', max_iter=-1,
                           probability=False, random_state=None, shrinking=True,
                           tol=0.001, verbose=False),
             iid='deprecated', n_jobs=None,
             param_grid={'C': [1, 10], 'kernel': ('linear', 'rbf')},
             pre_dispatch='2*n_jobs', refit=True, return_train_score=False,
             scoring=None, verbose=0)

正如这里的替代示例所示

from sklearn.utils import parallel_backend
from sklearn.model_selection import cross_val_score
from sklearn import datasets
from sklearn import svm
from joblibspark import register_spark

register_spark() # register spark backend

iris = datasets.load_iris()
clf = svm.SVC(kernel='linear', C=1)
with parallel_backend('spark', n_jobs=3):
  scores = cross_val_score(clf, iris.data, iris.target, cv=5)

print(scores)

给予

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