我正在尝试使用一些conda环境创建一个docker容器。当我在交互模式下运行容器时
conda update --all
conda env create -f env.yml
运行没有问题。但是,每当我尝试使用Docker文件执行这些命令时,我都会收到
/bin/sh: 1: conda: command not foud
Docker文件如下所示:
FROM ubuntu:latest
RUN apt-get update && \
apt-get install unzip && \
mkdir /install && \
apt-get install nano
COPY Anaconda3-2018.12-Linux-x86_64.sh env.yml /install/
WORKDIR /install
RUN bash Anaconda3-2018.12-Linux-x86_64.sh -b && \
echo "export PATH="/root/anaconda3/bin:$PATH"" >> ~/.bashrc && \
/bin/bash -c "source ~/.bashrc"
RUN conda update --all
RUN conda env create -f env.yml
因此似乎使用了sh而不是bash,因此我将Dockerfile编辑为以下内容:
FROM ubuntu:latest
RUN apt-get update && \
apt-get install unzip && \
mkdir /install && \
apt-get install nano
COPY Anaconda3-2018.12-Linux-x86_64.sh env.yml /install/
WORKDIR /install
RUN bash Anaconda3-2018.12-Linux-x86_64.sh -b && \
echo "export PATH="/root/anaconda3/bin:$PATH"" >> ~/.bashrc && \
/bin/bash -c "source ~/.bashrc"
RUN /bin/bash -c "conda update --all"
有以下错误
/bin/bash: conda: command not found
您必须在构建期间使用ENV
变量将anaconda添加到PATH,然后才能在Dockerfile中执行anaconda。
RUN bash Anaconda3-2018.12-Linux-x86_64.sh -b && \
echo "export PATH="/root/anaconda3/bin:$PATH"" >> ~/.bashrc && \
/bin/bash -c "source ~/.bashrc"
ENV PATH /root/anaconda3/bin:$PATH
RUN conda update --all
使用.bashrc更新.bashrc中的PATH可以在使用时在容器内调用conda docker run
,但不能在RUN
docker文件中的其他语句中调用。
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