假设一个R包（myPackage）通过DESCRIPTION文件和NAMESPACE文件导入R包RCircos。
$ cat DESCRIPTION
Package: myPackage
Imports: RCircos (>= 1.2.0)
...
$ cat NAMESPACE
import(RCircos)
...
其中的额外补贴RCircos是，它定义了一个自定义的环境（称为RCircos.Env）和读/写变量从不同的职能这种环境。例如，函数RCircos.Initialize.Plot.Parameters对此环境进行读写。
...
RCircosEnvironment <- NULL;
RCircosEnvironment <- get("RCircos.Env", envir = globalenv());
RCircosEnvironment[["RCircos.PlotPar"]] <- plot.param;
（这种特殊的行为也已被其他R程序包所识别；例如，参见此程序包的247-249行）。
不幸的是，当我仅通过DESCRIPTION文件和NAMESPACE文件导入RCircos时，似乎无法在myPackage中立即识别环境RCircos.Env。
那该怎么办呢？
似乎有两种选择可以使环境RCircos.Env可以访问RCircos.Initialize.Plot.Parameters。但是，这两个选项都会导致CRAN check（R CMD check myPackage --as-cran）在myPackage提交给CRAN之前对myPackage进行强制评估期间发出警告或注释，从而阻止了它在CRAN上的接受。
选项1：我在函数要求对象之前添加以下行：
# my code here #
assign("RCircos.Env", RCircos::RCircos.Env, .GlobalEnv)
RCircos.Set.Core.Components(...)
# my code here #
但是，CRAN检查用“ NOTE”突出显示了这一行，从而阻止了myPackage在CRAN上的接受。
* checking R code for possible problems ... NOTE
Found the following assignments to the global environment:
File ‘PACViR/R/visualizeWithRCircos.R’:
assign("RCircos.Env", RCircos::RCircos.Env, .GlobalEnv)
选项2：在功能要求对象之前，我先加载整个RCircos库：
# my code here #
library(RCircos)
RCircos.Set.Core.Components(...)
# my code here #
但是，CRAN检查会以警告突出显示此选项，再次阻止了myPackage在CRAN上的接受。
* checking dependencies in R code ... WARNING
'library' or 'require' call not declared from: ‘RCircos’
'library' or 'require' call to ‘RCircos’ in package code.
Please use :: or requireNamespace() instead.
See section 'Suggested packages' in the 'Writing R Extensions' manual.
当然，必须有使环境的容易和CRAN兼容的方式RCircos.Env等功能的访问RCircos.Set.Core.Components中mypackage的！有人可以这样命名和解释吗？
显然，正常的重新导出不适用于环境，而不适用于功能。但这确实有效：
RCircos.Env <- RCircos::RCircos.Env
#' test
#'
#' @param ... data
#'
#' @export
test_fun <- function(...) {
RCircos::RCircos.Set.Core.Components(...)
}
与DESCRIPTION：
Package: test
Type: Package
Title: test
Description: This is a description.
Version: 0.1.0
Authors@R: person("Wouter", "van der Bijl",
email = "[email protected]",
role = c("aut", "cre"))
Maintainer: Wouter van der Bijl <[email protected]>
License: GPL-3
Encoding: UTF-8
LazyData: true
Imports: RCircos
RoxygenNote: 6.1.1
这NAMESPACE：
# Generated by roxygen2: do not edit by hand
export(test_fun)
测试：
library(test)
data(UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram, package = 'RCircos')
test_fun(UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram)
基本上，当RCircos运行时get("RCircos.Env", envir = globalenv())，它将遍历搜索路径，直到RCircos.Env从包中找到为止。
运行R CMD Check时，我得到0个错误，0个警告，0个注释。
请注意，这种RCircos使用带有被使用查找的环境的策略get(.., envir = globalenv())确实是非正统的，通常不是一个好主意。R函数通常不应有副作用，例如编辑看不见的环境。通常使用来设置默认值等options()。整个软件包可能不是您想要模仿的东西，但是至少现在您可以将其用作依赖项。
本文收集自互联网，转载请注明来源。
如有侵权，请联系 [email protected] 删除。
我来说两句