在Nextflow中执行奇点容器时激活conda环境

布鲁斯·莫兰

我正在使用奇异容器从Nextflow工作流管理系统运行命令。我在Singularity内部有一个conda环境,当我将其装入容器时可以激活它

singularity pull shub://brucemoran/Singularity:pcgr.centos7
singularity shell brucemoran-Singularity-pcgr.centos7.img
#<inside container>
source activate pcgr

当Nextflow执行时,我定义了source activate pcgr我认为应该激活conda env的对象。但是我得到unbound variable HOST警告。我认为这与非激活以及随后使用的变量有关,如果env被激活,则应该定义这些变量(?)。

我希望容器在执行时激活env(pcgr)。我尝试过

%run
 source activate pcgr 

%post
 source activate pcgr

但这对我不起作用

singularity exec pcgr.img which pcgr.py
which: no pcgr.py in ...

我看不到这是怎么做的,但是我认为这很容易,而且我在很大程度上忽略了某些事情!

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茨诺兰

奇异的外壳在特殊的环境中运行,因此对标准的conda修改.bashrc不起作用。相反,您需要修改$ SINGULARITY_ENVIRONMENT变量。奇点定义文件中的以下几行应该可以正常工作:

# set to whatever your conda path is, I usually install to /opt
echo ". /opt/conda/etc/profile.d/conda.sh" >> $SINGULARITY_ENVIRONMENT
echo "conda activate pcgr" >> $SINGULARITY_ENVIRONMENT

这样,conda环境将自动被激活。如果您喜欢在步骤中手动激活它,则可以省略第二行,并在%run步骤中进行激活

编辑:更改为使用,.而不是与source兼容/bin/sh,在下面的评论中提到

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