我是第一次设置新的snakemake管道，并且遇到了代码问题。
我一开始就试图使其变得非常简单。
configfile: "config.yaml"
SAMPLES, = glob_wildcards("data/{sample}_L008_R1_001.fastq.gz")
rule all:
input:
expand("umi_labeled_fastq/{sample}.umi-extract.fq.gz", sample=SAMPLES)
rule umi_tools_extract:
input:
"data/{sample}_L008_R1_001.fastq.gz"
output:
"umi_labeled_fastq/{sample}.umi-extract.fq.gz"
shell:
"umi_tools extract --extract-method=regex --bc-pattern=”(?P<umi_1>.{6})(?P<discard_1>.{4}).*” -I {input} -S {output}"
这是我收到的输出：
Job counts:
count jobs
1 all
6 umi_tools_extract
7
[Thu May 16 16:55:05 2019]
rule umi_tools_extract:
input: data/YL5_S221_L008_R1_001.fastq.gz
output: umi_labeled_fastq/YL5_S221.umi-extract.fq.gz
jobid: 3
wildcards: sample=YL5_S221
RuleException in line 9 of /home/ryan/lexogen/test2.snakefile:
IndexError: list index out of range
如果我从正则表达式模式中删除此部分，则不会出现错误：
--bc-pattern=”(?P<umi_1>.{6})(?P<discard_1>.{4}).*”
然后我没有任何错误。我该如何解决？
你需要逃离大括号{4}，并{6}通过在shell命令括号加倍。Snakemake认为它们不是某种类型的变量，因此会导致错误。
shell:
"umi_tools extract --extract-method=regex --bc-pattern=”(?P<umi_1>.{{6}})(?P<discard_1>.{{4}}).*” -I {input} -S {output}"
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