我可以使用一种更优雅/更优化的方法来制作此连接算法吗？

我制定了一种算法，可以从原子列表（给出它们彼此之间的距离）中找出分子中连接的原子。在物理环境之外考虑这个问题，它只是一个封闭的网络问题，其中节点是原子，而边是连接原子的原子键。我有一个节点列表，以及一个连接这些节点的边的列表，我需要找出每个唯一分子的列表。我已经在下面的代码中做到了这一点，但是它有点慢而且很丑陋。有没有一种方法可以优化此算法？

这是我的代码，可以使用相关信息供您尝试（我将提供另一个原子列表尝试进行操作，称为pairs_1和selected_atom_1，只需将pairs_1更改为pairs，将selected_atom_1更改为selected_atom即可正常工作）

pairs = [[0, 1],
 [0, 2],
 [3, 4],
 [3, 5],
 [6, 7],
 [6, 8],
 [9, 10],
 [9, 11],
 [12, 13],
 [12, 14],
 [15, 16],
 [15, 17],
 [18, 19],
 [18, 20],
 [21, 22],
 [21, 23],
 [24, 25],
 [24, 26],
 [27, 28],
 [27, 29],
 [30, 31],
 [30, 32],
 [33, 34],
 [33, 35],
 [36, 37],
 [36, 38],
 [39, 40],
 [39, 41],
 [42, 43],
 [42, 44],
 [45, 46],
 [45, 47]]

chosen_atom = [np.random.rand() for i in range(48)]

pairs_1 = [[0, 6],
 [1, 7],
 [2, 8],
 [3, 9],
 [4, 10],
 [5, 6],
 [5, 10],
 [6, 7],
 [7, 8],
 [8, 9],
 [9, 10]]

chosen_atom_1 = [np.random.rand() for i in range(11)]

# use list of lists to define unique molecules
molecule_list = []

for i in pairs:
    temp_array = []
    for ii in pairs:
        temp_pair = [i[0], i[1]]

        if temp_pair[0] == ii[0]:
            temp_array.append(ii[1])
            temp_array = set(temp_array)
            temp_array = list(temp_array)
        if temp_pair[1] == ii[1]:
            temp_array.append(ii[0])
            temp_array = set(temp_array)
            temp_array = list(temp_array)

        for iii in temp_array:
            for j in pairs:
                if iii == j[0]:
                    temp_array.append(j[1])
                    temp_array = set(temp_array)
                    temp_array = list(temp_array)
                if iii == j[1]:
                    temp_array.append(j[0])
                    temp_array = set(temp_array)
                    temp_array = list(temp_array)

        if len(temp_array) > len(chosen_atom):
            break
    molecule_list.append(temp_array)

molecule_list = [list(item) for item in set(tuple(row) for row in molecule_list)]

# the output of pairs should be
molecule_list = [[8, 6, 7],
 [27, 28, 29],
 [9, 10, 11],
 [0, 1, 2],
 [32, 30, 31],
 [18, 19, 20],
 [45, 46, 47],
 [33, 34, 35],
 [24, 25, 26],
 [42, 43, 44],
 [16, 17, 15],
 [12, 13, 14],
 [21, 22, 23],
 [3, 4, 5],
 [40, 41, 39],
 [36, 37, 38]]
# the output of pairs_1 should be:
molecule_list = [[0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10]]

因此，在上面我已经给出了我现在应该获得的输出-使该代码更好的任何想法将不胜感激。