如何在列表中使用case_when

塞巴斯蒂安·泽基（Sebastian Zeki）

我的清单如下：

   tryout<- list(c("stomach:biopsy", ",colon:biopsy", ",stomach:biopsy"), 
        character(0), character(0), "oesophagus:biopsy", character(0), 
        character(0))

我想"stomach:biopsy"用数字1代替术语。我想用case_whenfromdplyr

我试过了：

lapply(tryout, function(x) 
    x %>% 
           mutate(group = case_when( 
             grepl("stomach:biopsy",x ) ~ 1
           )))

但我得到了错误：

Error in UseMethod("mutate_") : 
  no applicable method for 'mutate_' applied to an object of class "character"

那么，如何为嵌套列表运行case_when？

阿克伦

由于空白元素很多，我们可以创建一个索引来检查是否至少有一个元素。根据模式细分list和replace

i1 <- lengths(tryout) > 0 
tryout[i1] <-  lapply(tryout[i1], function(x) replace(x, x == 'stomach:biopsy', 1))

如果部分匹配，则grep在OP的帖子中使用

tryout[i1] <-  lapply(tryout[i1], function(x) 
           replace(x, grep('stomach:biopsy', x), 1))

更新资料

根据OP的评论，有多种模式需要替换。在这种情况下，最好创建一个键/值数据集或命名的向量，然后执行一个left_join/match等。在这种情况下，由于它是部分匹配项，因此最好使用regex_left_joinfromfuzzyjoin

library(fuzzyjoin)
library(tidyverse)
# create a key/val tibble
d1 <- tibble(key = c("stomach:biopsy", "colon:biopsy", 
             "oesophagus:biopsy"), val = 1:3)

# loop through the list elements having at least one element
# left join with the key/val dataset
# pull the column of 'val'
# update the list elements
tryout[i1] <- map(tryout[i1], ~ 
                tibble(key = .x) %>%
                  regex_left_join(d1) %>%
                  pull(val))

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