我试图弄清楚如何访问我的 Snakefile 中的 Snakemake 参数，例如设置目标规则（由用户指定或第一个定义的规则）。我能够使用 找到环境中的一些设置dir()，但不是目标规则。这甚至可以访问吗？
编辑：我想在运行开始时打印最重要参数的概述，包括用户 ID、配置文件的路径以及目标规则（因为我们的工作流有多个端点/目标规则，我找到了将其记录在某处很有用）。
经过更多的挖掘，我找到了workflow包含一些有用信息的对象，但是first_rule设置为None. 我本来希望将该属性设置为目标规则，但也许我还没有理解它的目的，和/或不应该从workflow对象中提取任何信息。
我知道我可以使用该--report功能来获取大量信息 - 我们确实使用它 - 但希望独立于它。
谢谢！
从更新的问题来看，它似乎确实workflow很有用。具体来说，一种选择是迭代工作流中的所有规则（请参阅相关答案），在迭代期间提取感兴趣的信息。专门针对目标规则信息，snakemake -j 1在下面的 Snakefile 上运行似乎输出了所需的信息：
rule all:
input:
"a.txt",
"b.txt",
rule a:
output:
"a.txt",
shell:
"""
echo "a" > {output}
"""
rule b:
output:
"b.txt",
default_target: True,
shell:
"""
echo "b" > {output}
"""
print(workflow.default_target)
# will print b
需要注意的一点是printing，如果您正在执行集群提交，或者您的规则具有对传入数据敏感的 shell 命令，那么将信息记录到文件中而不是打印到标准输出可能会更好。至少我有一些不明显的错误的经验，这些错误最终可以追溯到我在 Snakefile 中打印。
更新：这是针对边缘情况的 hack，但如果有人对动态修改 感兴趣，default_target可以执行以下操作（这只是伪代码，未经测试）：
# assume that config contains the name of the desired target rule
default_target = config["default_target"]
for n, r in enumerate(workflow.rules):
if r.name == default_target:
r.default_target = True
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