允许与子集.fastq不匹配的Grep

我正在Linux群集上使用bash。我正在尝试从.fastq文件中提取读取，如果它们包含与查询序列匹配的内容。以下是一个包​​含三个读取的示例.fastq文件。

$ cat example.fastq

@SRR1111111.1 1/1
CTGGANAAGTGAAATAATATAAATTTTTCCACTATTGAATAAAAGCAACTTAAATTTTCTAAGTCG
+
AAAAA#EEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEAEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEA<AAEEEEE<6
@SRR1111111.2 2/1
CTATANTATTCTATATTTATTCTAGATAAAAGCATTCTATATTTAGCATATGTCTAGCAAAAAAAA
+
AAAAA#EE6EEEEEEEEEEEEAAEEAEEEEEEEEEEEE/EAE/EAE/EA/EAEAAAE//EEAEAA6
@SRR1111111.3 3/1
CTATANTATTGAAATAATAATGTAGATAAAACTATTGAATAACAGCAACTTAAATTTTCAATAAGA
+
AAAAA#EE6EEEEEEEEEEEEAAEEAEEEEEEEEEEEE/EAE/EAE/EA/EAEAAAE//EEAEAA6

我想提取包含序列GAAATAATA的读物。我可以使用grep执行此提取，如以下命令所示。

$ grep -F -B 1 -A 2 "GAAATAATA" example.fastq > MATCH.fastq

$ cat MATCH.fastq

@SRR1111111.1 1/1
CTGGANAAGTGAAATAATATAAATTTTTCCACTATTGAATAAAAGCAACTTAAATTTTCTAAGTCG
+
AAAAA#EEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEAEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEA<AAEEEEE<6
@SRR1111111.3 3/1
CTATANTATTGAAATAATAATGTAGATAAAACTATTGAATAACAGCAACTTAAATTTTCAATAAGA
+
AAAAA#EE6EEEEEEEEEEEEAAEEAEEEEEEEEEEEE/EAE/EAE/EA/EAEAAAE//EEAEAA6

但是，此策略不能容忍任何不匹配。例如，包含序列GAAAT G ATA的读物将被忽略。我需要这种提取来容忍查询序列中任何位置的一个不匹配。所以我的问题是我该如何实现？是否存在与grep具有类似功能的序列比对软件包？有没有可用的fastq子设置包可以执行这种类型的操作？需要注意的是速度非常重要。感谢您的指导。