Snakemake如何为每个任务设置qsub ppn？

Freek 发表于 Dev

弗里克

我像这样在我们的qsub群集上启动Snakemake：

snakemake -s Snakefile.snakefile --cluster-config cluster.json --cluster "qsub -l nodes={cluster.nodes}:ppn={cluster.ppn}" --jobs 70

cluster.json看起来像这样：

{
"__default__" :
{
    "cluster"   : "qsub",
    "jobs"      : 70 ,
    "nodes"     : 1,
    "ppn"       : 8
},

}

对于某些规则，我将线程设置为8，但是对于某些规则，我将其设置为1（例如某些RSeQC模块，如下所示：

rule bam_stat:
input:
    rseqc_input_bam
output:
    os.path.join(rseqc_dir, '{sample}.bam_stat.txt')
threads: 1
shell:
    '''
    #!/bin/bash
    # Enter the Python 2 conda environment where rseqc is installed
    source activate rseqc
    bam_stat.py -i {input} > {output}
    '''

现在，如果我查看集群排队系统，它会告诉我该作业仍保留8个核心，就像使用--nodes = 1，ppn = 8提交一样

如何为每个任务设置ppn？

最高的问候，

弗里克

马那瓦兰（Manavalan）

在这里，rule_X将使用12 ppn，这与其他使用默认设置为8的规则不同。

{
    "__default__" :
    {
        "cluster"   : "qsub",
        "jobs"      : 70 ,
        "nodes"     : 1,
        "ppn"       : 8
    },

    "rule_X" :
    {
        "ppn"       : 12
    },

}

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