快速高效的熊猫groupby sum操作

Mike_H 发表于 Dev

迈克·H

我有一个庞大的lod数据集，大约有1000万行，而且在性能和速度方面也有很大的问题。我尝试使用pandas，numpy（也使用numba库）和dask。但是我无法获得足够的成功。

原始数据（最小和简化）

df = pd.read_csv('data.csv',sep=';', names=['ID', 'UserID'], error_bad_lines=False, 
     encoding='latin-1', dtype='category')

For problem reproduction:

df = pd.DataFrame({'ID': [999974708546523127, 999974708546523127, 999974708546520000], 'UserID': ['AU896', 'ZZ999', 'ZZ999']}, dtype='category')

df

ID                  UserID
999974708546523127  AU896  
999974708546523127  ZZ999
999974708546520000  ZZ999

预期产量

User   999974708546520000   999974708546523127
AU896           1                     0            
ZZ999           1                     1

我可以使用以下不同的脚本来实现。但是，在大型数据集上，脚本非常慢。最后，我需要根据扩展后的输出计算所有用户之间的相关矩阵。这是输出结构的原因：

大熊猫

results_id = pd.crosstab(df.UserID, df.ID, dropna=False)

numpy和numba

import numpy as np
import numba

records = df.to_numpy()

unique_id =  np.unique(records[:, 0])
unique_userid = np.unique(records[:, 1])

results_id = np.zeros((len(unique_userid), len(unique_id)))

@numba.jit(nopython=True):
def ID_PreProcess(records, records_tcode, records_user):    
   for userid in range(len(unique_userid)):
        user = np.where(records[:, 1] == unique_userid[userid])

        for id in range(len(unique_id)):
            tcode_row= np.where(records[:, 0] == unique_id[id])
            inter = records[np.where((records[:,1] == id) * (records[:,0] == id))]
            results_id[userid, id]=len(inter)
   return results_id

results_id = ID_PreProcess(records, records_tcode, records_user)

达斯克

import pandas as pd
import dask.dataframe as dd


dask_logs = dd.from_pandas(df, npartitions=2)
results_id = dd.concat([dask_logs.UserID ,dd.get_dummies(dask_logs.ID)],axis=1).groupby('UserID').sum().compute()

我希望我能证明我尝试了多种不同的可能性。但是，对于这种数量的行，没有一个选项足够有效。

我发现这篇文章似乎与我的问题非常接近，但是我无法将解决方案纳入我的问题。

非常感谢您的帮助！

迈克·H

通过合并有用的评论，我自己提出了一个解决方案。

df.groupby(['UserID', 'ID'], as_index=False).size()
df.reset_index(inplace = True)
df.columns = ['UserID', 'ID', 'Counter']
Expected_Output = pd.pivot('UserID', 'ID', 'Counter')

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