将大数据迁移到新数据库

我想使用我在C＃中编写的解决方案将大量数据从SQL Server传输到MongoDB（大约8000万条记录）。我想一次传输20万条记录，但是我的问题是跟踪已传输的内容。通常我会按如下方式进行：

Gather IDs from destination to exclude from source scope
Read from source (Excluding IDs already in destination)
Write to destination
Repeat

问题是我在C＃中构建了一个字符串，其中包含目标中存在的所有ID，目的是将这些ID从源选择中排除。

select * from source_table where id not in (<My large list of IDs>)

现在您可以想象，当我已经插入了60万条以上的记录，然后构建具有所有ID的字符串时，会发生什么情况，它变大了，甚至放慢了速度，所以我正在寻找一种方法来遍历20万条一次像光标一样进行记录，但是我从未做过这样的事情，所以我在这里寻求建议。

作为参考，我的阅读如下

    SqlConnection conn = new SqlConnection(myConnStr);
    conn.Open();
    SqlCommand cmd = new SqlCommand("select * from mytable where id not in ("+bigListOfIDs+")", conn);
    SqlDataReader reader = cmd.ExecuteReader();
    if (reader.HasRows)
    {
        while (reader.Read())
        {
            //Populate objects for insertion into MongoDB
        }
    }

因此，基本上，我想知道如何遍历大量数据而无需一次选择所有数据，也不必使用大型字符串过滤数据。任何帮助，将不胜感激。