使用Cython时缺少numpy属性

生姜

我有一个非常简单的cython模块,名为empty_test.pyx

cimport numpy as cnp


cpdef return_empty():
    return cnp.empty(0, dtype=np.int32)

当我尝试运行时,出现return_empty以下错误:

empty_test.pyx:5:14: cimported module has no attribute 'empty'

这是我的setup.py文件:

from distutils.core import setup
from Cython.Build import cythonize

import numpy as np
setup(
    ext_modules=cythonize(['empty_test.pyx'],
    ),
    include_dirs = [np.get_include()],
)

我知道我可以尝试import numpy as np代替cimport numpy as np,但是我正在尝试使用C版本的numpy代码。

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为了实现这一点,您必须直接访问numpy的C-API,它至少部分由Cython包装。在您的情况下,您需要使用numpy将PyArray_SimpleNew导入

因此,您的功能变为:

%%cython
cimport numpy as cnp

cnp.import_array()  # needed to initialize numpy-API

cpdef return_empty():
    cdef cnp.npy_intp dim = 0
    return cnp.PyArray_SimpleNew(1, &dim, cnp.NPY_INT32)

现在:

>>> return_empty()
array([], dtype=int32)

显然,由于引用计数,仍然存在一些Python开销,但与使用时相比,它要少得多np.empty()

>>> %timeit return_empty()   
159 ns ± 2.81 ns per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 10000000 loops each)
>>> %timeit return_empty_py
751 ns ± 8.3 ns per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 1000000 loops each)

使用PyArray_SimpleNew的速度也比使用Cython的速度快(大约3倍)array您在另一个问题中考虑):

%%cython
from cython.view cimport array as cvarray

# shape=(0,) doesn't work
cpdef create_almost_empty_carray():
    return cvarray(shape=(1,), itemsize=sizeof(int), format="i")

因此:

>>> %timeit create_almost_empty_carray()
435 ns ± 5.85 ns per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 1000000 loops each)

列出使用的功能return_empty_py

%%cython
cimport numpy as cnp
import numpy as np

cpdef return_empty_py():
    return np.empty(0, np.int32)

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