Snakemake + docker示例，如何使用卷

当您运行snakemake并告诉它使用奇点图像时，您可以执行以下操作：

snakemake --use-singularity

您还可以将其他参数传递给奇异性，包括绑定点，如下所示：

snakemake --use-singularity --singularity-args "-B /path/outside/container/:/path/inside/container/"

现在，如果您的csv文件位于中/path/outside/container/，则可以通过somecommand毫无问题地看到。

请记住，如果内部和外部路径不相同，则需要在snakemake规则的不同部分中同时使用这两个路径。这是我的方法：

rule targets:
    input:
        "plots/dataset1.pdf",
        "plots/dataset2.pdf"

rule plot:
    input:
        "raw/{dataset}.csv"
    output:
        "plots/{dataset}.pdf"
    params:
        i = "inside/container/input/{dataset}.csv",
        o = "inside/container/output/{dataset}.pdf"
    singularity:
        "docker://joseespinosa/docker-r-ggplot2"
    shell:
        "somecommand {params.i} {params.o}"

当你运行这个snakefile，绑定raw/到inside/container/input/，并绑定plots/到inside/container/output/。Snakemake会在本地计算机上查找输入/输出文件，但会向容器提供命令以使用内部容器路径运行，并且一切都会很棒。

TL; DR：输入和输出中的本地路径，params和shell中的容器路径。在命令行调用中绑定本地和容器路径。