我在 zsh 中有一個列表/數組,它是 house=$(cat corrected_inhouse_list.txt)
包含:
N-METHYL-L-GLUTAMIC ACID
L-GLUTAMIC ACID
CREATINE
L-PROLINE
CREATINE PHOSPHATE
L-VALINE
L-TYROSINE
L-KYNURENINE
L-PHENYLALANINE
PHENYLETHANOLAMINE
D-PANTOTHENIC ACID
L-TRYPTOPHAN
MYRISTIC ACID
文件“metexplore_IDs_DB.tsv”:
8:M_Lkynr exact multimatching 1 L-KYNURENINE CHEBI:16946 NA NA
21:M_glu_L exact multimatching 1 L-GLUTAMIC ACID CHEBI:16015 NA NA
40:M_trp_L exact multimatching 1 L-TRYPTOPHAN CHEBI:16828 NA NA
42:M_pro_L exact multimatching 1 L-PROLINE CHEBI:17203 NA NA
50:M_phe_L exact multimatching 1 L-PHENYLALANINE CHEBI:17295 NA NA
56:M_creat exact multimatching 1 CREATINE CHEBI:16919 NA NA
57:M_34dhphe exact multimatching 1 3,4-DIHYDROXY-L-PHENYLALANINE (L-DOPA) CHEBI:15765 NA NA
61:M_tyr_L exact multimatching 1 L-TYROSINE CHEBI:17895 NA NA
63:M_val_L exact multimatching 1 L-VALINE CHEBI:16414 NA NA
94:M_Lkynr exact multimatching 1 L-KYNURENINE CHEBI:16946 NA NA
95:M_5oxpro exact multimatching 1 5-OXO-L-PROLINE CHEBI:18183 NA NA
107:M_4hpro_LT exact multimatching 1 4-HYDROXY-L-PROLINE CHEBI:18095 NANA
171:M_pcreat exact multimatching 1 PHOSPHOCREATINE CHEBI:17287 NA NA
191:M_pnto_R exact multimatching 1 D-PANTOTHENIC ACID CHEBI:7916 NANA
211:M_pcreat exact multimatching 1 CREATINE PHOSPHATE CHEBI:17287 NANA
237:M_35diotyr exact multimatching 1 3,5-DIIODO-L-TYROSINE CHEBI:15768 NANA
315:M_ttdca exact multimatching 1 MYRISTIC ACID CHEBI:28875
我想使用 grep 來匹配文件上的這些詞。問題是可以在圖片中看到的內容,grep 還捕獲包含但不以我的興趣詞開頭的詞。
我試過了:
for i in ${house[*]}; do grep -n -E "^\s*\{$i}\>" metexplore_IDs_DB.tsv; done
for i in ${house[*]}; do grep -n -E -w "\<$i" metexplore_IDs_DB.tsv; done
for i in ${house[*]}; do grep -n -E "(^|\t)$i" metexplore_IDs_DB.tsv; done
我可以做什麼來實現我的目標?所需的輸出將沒有第 57、95、107 和 237 行。
看起來你總是匹配字段 4。所以awk
會是一個更好的解決方案,因為你可以簡單地對整個字段進行精確匹配:
for i in "${house[@]}"; do
awk -F'\t' -v i="$i" '$4 == i' metexplore_ID.tsv
done
不要忘記周圍的引號${house[@]}
;否則元素 likeL-GLUTAMIC ACID
將被視為兩個不同的詞來匹配。
您還可以通過corrected_inhouse_list.txt
直接加載到awk
數組中來避免創建數組和循環:
awk -F'\t' -v i="$i" '
NR == FNR {houses[$0]++; next}
$4 in houses' corrected_inhouse_list.txt metexplore_ID.tsv
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