我正在尝试使用一个名为fastqtl的工具，但在这里它可能不那么重要。我有兴趣将“ loc_info.txt”的每一行分配到选项中。我写了以下命令，但它弹回为“错误解析命令行：无法识别的选项'-n + 1'
有没有一种方法可以使fastQTL每次运行该函数时都读取并使用“ loc_info.txt”中的那一行？
感谢您的任何建议！
#!/bin/bash
tool="/path/FastQTL-2.165.linux/bin/"
vcf="/path/vcf/"
out="/path/perm_out"
for i in {1..1061}
do
${tool}fastQTL.1.165.linux --vcf ${vcf}GT.vcf.gz --bed pheno_bed.gz --region tail -n+"$i" loc_info.txt --permute 1000 --out "$i"_perm.txt
done
如果要在另一个命令中使用一个命令的输出，则可以使用子外壳，例如：
cmd1 -option $(cmd2)
在这里，您将cmd2输出用作cmd中的输入。此处的键是“ $”和子壳“（）”。因此，解决方案可能是：
#!/bin/bash
tool="/path/FastQTL-2.165.linux/bin/"
vcf="/path/vcf/"
out="/path/perm_out"
for i in {1..1061}
do
${tool}fastQTL.1.165.linux --vcf ${vcf}GT.vcf.gz --bed pheno_bed.gz --region $(tail -n+"$i" loc_info.txt) --permute 1000 --out "$i"_perm.txt
done
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