在MATLAB中创建火山图时出错

user1993 发表于 Dev

用户1993

我是MATLAB的新手，我要做的第一个任务是创建火山图。我一直在使用文档来了解它并开始使用。

我试图在虚拟值上运行它-

a=[1 2 3]
b=[4.6 2.7 4.5]
c=[0.05 0.33 0.45]

然后我跑了-

SigStructure = mavolcanoplot(a, b, c)

我的理解是a表示条件1中的基因表达值，b对于条件2，并且c是p值的在3个数据点的列表a和b。

但是运行此代码给我错误-

Index exceeds matrix dimensions.

Error in mavolcanoplot (line 127)
appdata.effect = X(paramStruct.goodVals) - Y(paramStruct.goodVals);

Error in volc (line 4)
SigStructure = mavolcanoplot(a, b, c)

谁能解释我要去哪里错了？

沃尔菲

您正在遇到问题，因为您正在使用行向量。

在mavolcanoplot函数内部（您可以通过edit mavolcanoplot在命令窗口中键入来查看文件），有一个本地函数用于检查输入，称为check_inputdata。

您的数据通过所有验证检查，然后遇到以下部分：

% Here, 'X' and 'Y' are the local names for your inputs 'a' and 'b'
% Below code is directly from mavolcanoplot.m:

% Handle the matrix input. Use its mean values per row
if size(X, 2) > 1
    X = mean(X,2);
end    
if size(Y, 2) > 1
    Y = mean(Y,2);
end

这会将您的输入降低到平均水平。稍后在主函数（第127行）中遇到上述错误，其中paramStruct.goodVals是3元素数组，该数组现在试图索引1元素数组而失败！

这基本上是调试和阅读文档的一课，其中指出

DataX，DataY：如果是矩阵，则每一行都是一个基因，每一列都是一个样本，并为每个基因计算平均表达值。

您应使用以下等效方法之一创建列向量输入

a=[1 2 3].';       % Using transpose (.') to create a column vector from a row vector
b=[4.6; 2.7; 4.5]; % Creating a column vector using the semi-colon operator to end each row
c=[0.05
   0.33
   0.45];          % Using actual code layout to create a column vector

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